“El análisis de Exoma se basa en la secuenciación masiva de las zonas codificantes del genoma”

TIPO DE EXOMA

Nº DE GENESANALIZADOS

COBERTURARECOMENDADA

RESULTADOS TIEMPO DEENTREGA

TAMAÑOCAPTURA

Exoma deinvestigación

Exomaclínico

>3.000 genes60x 3 semanasExomascreening 12’5Mb

~21.000 genes

51Mb(Regiones codificantes)

71Mb(Regiones codificantes+UTRs)

6 semanas100x

>7.000 genesGenes asociadosa Enfermedad(OMIM, HGMD,GeneRewiews)

6 semanas

6 semanasEn caso derequerirse informeclínico, consultar el tiempo de entrega

~21.000 genes

Exoma deinvestigación

51Mb

50x - 100x

• Resultados a través de la plataforma GeneSystems©

• Informe de la metodología bioinformática

• Informe con interpretación clínica de los resultados• Informe de la metodología bioinformática

• Resultados a través de la plataforma GeneSystems©

• Informe de la metodología bioinformática

• Resultados a través de la plataforma GeneSystems©

• Informe de la metodología bioinformática• Posibilidad de informe clínico de variantes detectadas de interés

Se estableceráen función del % tumoral de la muestra

Mediante el análisis de estas regiones, se estudia:

Se recomienda un adecuado asesoramiento genético antes y después de la realización de esta prueba.

del genoma

genes

NUESTROS EXOMAS

51Mb(Regiones codificantes)

71Mb(Regiones codificantes+UTRs)

TUM

ORA

L

Tipos de Exomas

CO

NST

ITUC

ION

AL

de las mutaciones conocidas

exones

Indicaciones• Trastornos graves del neurodesarrollo.• Enfermedades hereditarias con extrema heterogeneidad genética.• Enfermedades severas neonatales con riesgo de mortalidad elevado.• Pacientes con afectación de varios sistemas no relacionados.• Variabilidad fenotípica de la patología a estudiar.• Estudio de patologías con fenotipo clínico solapante.• Ausencia de rasgos fenotípicos claves necesarios para el diagnóstico de la enfermedad subyacente. • Establecimiento del diagnóstico utilizando un modelo “genotipo a fenotipo”. Es un modelo en el que, a partir de la identificación de una variante de efecto patogénico, se puede identificar la enfermedad presente en el paciente.• Estudio de padres sanos con descendencia de mortinatos o neonatos afectos con validación de variantes parentales en tejido parafinado de afectos.Tipos• Trío: probando y ambos progenitores: especialmente indicado para enfermedades autosómicas recesivas o de novo. Nota: cuando hay imposibilidad de uno de los padres de someterse a la prueba, el estudio se realiza en el afecto y uno de sus progenitores).• Single: estudio del probando en ausencia de padres.• Otros: estudio de varios familiares afectos u otras situaciones.Ventajas• Un solo procedimiento de estudio con elevada tasa diagnóstica.• Posibilidad diagnóstica siguiendo un modelo “fenotipo a genotipo” o un modelo “genotipo a fenotipo”.• Identificación de mutaciones patogénicas a través de los progenitores sanos con descendencia afecta no estudiada.• Posibilidad de ampliación de estudio a otros genes no asociados con enfermedad (opcional). Limitaciones• Este estudio no detecta expansiones ni grandes deleciones y duplicaciones que pueden ser diagnosticadas por otros métodos moleculares. Infórmese de otras opciones de Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES) .

Exoma clínico

Indicaciones• Análisis de las regiones codificantes y no codificantes (UTRs) relevantes para el objetivo del proyecto.Tipos• 51Mb. El exoma de 51Mb abarca las zonas codificantes del genoma humano.• 71Mb. El exoma de 71Mb abarca las zonas codificantes del genoma humano junto con las UTRs.Ventajas• Análisis global; idóneo en casos de fenotipo complejo.• Agilidad: resultados en pocas semanas.• Identificación de nuevas asociaciones gen-enfermedad.• Personalización del estudio según las necesidades de la investigación.Limitaciones• Este estudio no detecta expansiones que pueden ser diagnosticadas por otros métodos moleculares. Infórmese de otras opciones de Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES).

Exoma de investigación

Indicaciones• Análisis de la firma genética tumoral con impacto en el crecimiento, propagación neoplásica y selección de tratamiento personalizado.• Análisis comparativo entre ADN tumoral y constitucional que permite la detección de variantes patogénicas heredadas que predisponen a cáncer familiar.• Detección de mutaciones en genes accionables que conducen a terapia personalizada.• Detección de mutaciones relacionadas con cáncer familiar en pacientes con sospecha de cáncer esporádico.Aplicaciones de Investigación• Detección de variantes somáticas.• Detección de variantes germinales.• Detección de CNVs y LOHs.• Filogenia de tumores.

Exoma tumoral

TIPOS DE EXOMAS

3 semanas>3.000 genes relacionados con 102.000 variantes asociadas a enfermedad con la posibilidad de reportar variantes de significado incierto incluidas en las regiones de captura

EXOMA SCREENING

Información de variantes clínicamente relevantes >7.000 genes

EXOMA CLÍNICO

51Mb71Mb

EXOMA DE INVESTIGACIÓN

Variantes germinalesVariantes somáticasDetección de CNVs y LOHs

EXOMA TUMORAL

6 semanasAnálisis ~21.000 genes

6 semanasAnálisis ~21.000 genes

(FASE II) 4 semanas

Ventajas• Es un estudio rápido. Al estudiar la presencia de unas variantes concretas, el tiempo de entrega de resultados se reduce.• Eficiencia en la relación coste-eficiencia.• Validado con muestras de diferentes poblaciones. Se han filtrado las variantes de mayor frecuencia poblacional lo que permite optimizar la identificación de variantes asociadas a cada enfermedad.• Constituye un estudio dirigido. Se optimiza el proceso del estudio al centrarse en la información relevante. • Phenotype Ontology: Se emplea una ontología sobre fenotipos de dos formas: como anotación a partir de una base de datos entre fenotipos-genes y como inferencia estadística ya que se podrá asociar nuevas variantes a fenotipos.• Actualizaciones continuas de las variantes asociadas a enfermedad referidas en HGMD.Limitaciones• Este estudio no detecta expansiones que pueden ser diagnosticadas por otros métodos moleculares. Infórmese de otras opciones de Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES) .

Indicaciones• Gracias a su diseño, este tipo de exoma se focaliza en el análisis de las variantes asociadas a enfermedad de acuerdo con HGMD.• Se emplea una metodología de resecuenciación dirigida que permite obtener información sobre más de 102.000 variantes asociadas a enfermedad, con la posibilidad de reportar variantes de significado incierto incluidas en las regiones de captura.• Indicado para: - Obtener información sobre la presencia y ausencia de posibles variantes asociadas a enfermedad. - Obtener una asociación fenotipo-genotipo. - Identificación de variantes puntuales y pequeños Indels.

“Le presentamos nuestra nueva herramienta de análisis que le permite centrarse en las variantes asociadas a enfermedad más relevantes para ganar tiempo y eficacia en el screening”

(FASE I) 6 semanas

Estudio opcional de variantes de significado incierto

Envíode muestra

www.sistemasgenomicos.com(acceso clientes + login)

Análisis y secuenciación

WORKFLOW

Ampliamos la profundidad de la información según sus necesidades

USUARIO GENERA PETICIÓN Y CÓDIGO DE MUESTRA

Solicitudde servicio

Cómodo buscadorfenotipos

Afectos y opcionalotros familiares

GeneSystems

Completoinforme online

¿HASTA CUÁNTO DESEA CONOCER...?

Ampliación opcional a genes no asociados a enfermedad ~21.000 genes

(FASE III) 6 semanas

Exoma screening

Variantes asociadas a enfermedad

Análisis de:• Principales variantes asociadas a enfermedades de acuerdo a las principales bases de datos.

El formato de resultados obtenidos del exoma screening serán : • Informe técnico donde se indicarán los principales pasos del método bioinformático y las estadísticas que describen el proceso. • Listado de variantes identificadas, a través de GeneSystems©, clasificadas como: - Presente: Se reportan las variantes encontradas asociadas con enfermedad. - Ausente: No hay indicio de que la variante este presente en la muestra. Se elimina incertidumbre.

Se incluye interpretación biológica con información de bases de datos (HGMD, LOVD, NCBI ClinVar, dbNLVAR, dbSNP, ESP),

predictores in silico (SIFT, MutationTaster, Align GVGD, Condel, PolyPhen2) y PubMed.

Exoma screening

Exoma clínico

- Indeterminado: No hay información en esa posición, ausencia de cobertura. Ver parámetros de secuenciación y pipeline bioinformático. - Indefinido: La señal detectada no es suficiente para garantizar que la variante sea de tipo presente. En ese caso, se recomienda validar con Sanger.

Genes asociados a enfermedadesAnálisis e interpretación de: • Variantes patogénicas. • Variantes probablemente patogénicas. • Variantes de novo.Análisis e interpretación* de: • Variantes de significado incierto.

Genes no asociados a enfermedadesAnálisis e interpretación* de: • Variantes patogénicas. • Variantes probablemente patogénicas. • Variantes de novo.

*Estudios opcionales

Exoma de investigaciónA través de GeneSystems© se visualizan los resultados, donde se reportan las variantes encontradas y se entrega un informe con la metodología bioinformática seguida para la obtención de resultados.

EJEMPLOS DE RESULTADOS

Muestra

• Sangre o ADN• Sangre y tumor*

NGS• Diseño• 12’5Mb, 51Mb y 71Mb

Análisis

EXOMA TUMORALEXOMA SCREENING EXOMA DE INVESTIGACIÓN

• ~21.000 genes• Identificación de variantes• Confirmación de las variantes a informar (optativo) • Resultados entregados a través de GeneSystems©

• Informe técnico de bioinformática

• >102.000 variantes• Identificación de variantes• Confirmación de las variantes a informar (optativo)• Resultados entregados a través de GeneSystems©

• Informe técnico de bioinformática

EXOMA CLÍNICO

• >7.000 genes• Identificación y revisión clínica de las variantes• Confirmación Sanger de las variantes a informar• Informe clínico de resultados• Ampliación a otros genes (optativo)

* En el caso de exoma tumoral, el estudio comparado permite obtener información sobre las variantes germinales y variantes somáticas, estudios avanzados como la filogénica de tumores y además, mejorar la resolución del análisis.

SINGLE15%

20%

25%

30%

35%

22%

TRIO

31%

Lee H, Deignan JL, Dorrani N, et al. Clinical exome sequencing for genetic identification

of rare Mendelian disorders. JAMA 2014

Nov 12;312(18):1880-7.

• ~21.000 genes• Identificación variantes germinales y somáticas. (muestra pareada)• Detección de CNVs y LOHs• Filogenia de tumores• Informe técnico de bioinformática

Porcentaje de éxito en el diagnóstico

WORKFLOW

Estadística exoma single vs. trío

dbNLVAR

ESP

dbSNP

HGMD

ClinVar

“GeneSystems© es nuestra plataforma de análisis de datos NGS que le permite obtener infimación relevante para su diagnóstico o investigación”

Benefíciese del conocimiento de un equipo multidisciplinar de científicos, biomédicos, bioinfomáticos e ingenieros con una amplia experiencia en el análisis de paneles NGS, exomas, transcriptomas,…

Utilidades más relevantes:

GeneSystems© cubre todo el proceso de análisis, desde la subida de la información NGS hasta la visualización del resultado en el tiempo más corto posible. Es una interfaz flexible que permite visualizar la información con filtros definidos por el usuario, permite guardar la información y compartirlo con su equipo de colaboradores.

•Servicio de análisis bioinformático sin coste adicional para productos/ servicios SG.•Completa información técnica y biológica de la variante, con links a los artículos científicos de HGMD.•Ofrece zona flanqueante de la variante (50pb down y upstream), permitiendo el análisis de zonas ricas en GC o en homopolímeros.•G-VIEWER: Es una interfaz flexible que permite visualizar la información con filtros definidos por el usuario.•G-BitSpace: Herramienta que permite la carga y descarga de los datos generados.

El proceso de resecuenciación dirigida a través de GeneSystems© ha obtenido el marcado CE de producto sanitario para diagnóstico in vitro para su uso en diagnóstico.

GeneSystems© incorpora las principales bases de datos de referencia para la interpretación de variantes.Las bases de datos han sido cu idadosamente se lecc ionadas por la información de sus datos y por su importancia para el diagnóstico clínico, como HGMD, Ensemble, 1000genomes, dbSNP, REf Seq, Interpro, Prosite, Cosmic, HapMap, OMIM, ClinVar. Toda la información de variantes incluida en GeneSystems© está obtenida y validada por un equipo de expertos genetistas y actualizada constantemente.

In formación accesible desde cualquier ordenador. Se consulta de forma cómoda y se puede visualizar según las necesidades de cada usuario.

Entorno especialmente diseñado para mantener información de salud sensible y confidencial.

Base de datos propia de Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES) que almacena información de las variantes asociadas a diferentes enfermedades/fenotipos que han sido reportadas gracias al elevado número de análisis realizados y la gran experiencia de nuestro equipo.dbNLVAR es una de las más completas bases de datos del mercado que combina información de la anotación y de la ocurrencia. Se obtienen las ocurrencias de todas las variantes, ayudando su clasificación.Tiene un práctico buscador, que permite el filtrado por gen, variante, cromosoma o muestra.

+ de 67.000 genes analizados

Miles de análisis- Paneles de genes- Secuenciación de exomas- Secuenciación del genoma- Metagenómica- Transcriptómica- NIPT

+ de 4.700 enfermedades

+ de 200 empresas- Hospitales- Laboratorios- Centros de investigación- Universidades- Farmacéuticas

GENESYSTEMS©

1.- Tejido tumoral con 25% de células malignas (al menos 15g en congelado en OCT) en hielo seco.2.- 5 cortes de tejido parafinado tumoral de 5 micras junto a un sexto portaobjetos teñido con hematoxilina eosina de la misma pieza y marcado por detrás del portaobjetos la región en donde se encuentra la mayor concentración de células tumorales.

Sangre periférica 5ml en tubo EDTA a temperatura ambiente

≥ 0’5µg

• ADN íntegro sin signos de degradación, sin ARN, diluído en agua libre de nucleasas. A260/280: 1.8-2.0 a una concentración ≥50ng/µl• Es importante que la muestra esté libre de contaminantes que puedan interferir en la preparación de las librerías. Recomendamos purificar el ADN por columna preferiblemente (tipo Zymo DNA clean-up). La presencia de determinadas sales y compuestos orgánicos producen resultados variables y poco robustos.• No se debe enviar la muestra en tampones que contengan EDTA ni Tris >10mM, dado que pueden inhibir los ensayos del laboratorio.

TEJIDOTUMORAL • Congelado1

• Parafinado2

EXOMA TUMORALEXOMA CLÍNICOEXOMA SCREENING EXOMA DE INVESTIGACIÓN

≥ 5µg ≥ 5µg ≥ 5µg

ADN

SANGRE

• Mota A, Triviño JC, Rojo-Sebastian A, et al. Intra-tumor heterogeneity in TP53 null high grade serous ovarian carcinoma progression. BMC Cancer 2015 Nov 30;15:940.

• Calvete O, Martinez P, Fernandez V, et al. A mutation in the POT1 gene is responsible for cardiac angiosarcoma in TP53-negative Li–Fraumeni-like families. Nat Commun. 2015 Sep 25;6:8383.

• Calvete O, Reyes J, Zuñiga S, et al. Exome sequencing identifies ATP4A gene as responsible of an atypical familial type I gastric neuroendocrine tumor. Hum Mol Genet. 2015 May 15;24(10):2914-22.

• García-Sanz P, Triviño JC, Pérez López M, et al. Chromatin remodelling and DNA repair genes are frequently mutated in endometrioid endometrial carcinoma. Int J Cancer (accepted). 2016. doi: 10.1002/ijc.30573.

En exoma clínco, la política de Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES) es reportar los hallazgos secundarios cuando el médico lo solicita. En ese caso, nos ajustamos a las guías de la ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics). Si precisa más información, no dude en consultarnos.

Thanks to its extensive experience, Sistemas Genómicos (ASCIRES group) has developed its own classification criteria for variants, using the reference guide by Richard et al. 2015.• Richards S, Aziz N, Bale S, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: A joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015 May 5;17(5):405-24.

PUBLICACIONES RELEVANTES DE SISTEMAS GENÓMICOS

HALLAZGOS SECUNDARIOS

CLASIFICACIÓN DE VARIANTES EN EXOMA CLÍNICO

ENVÍO DE MUESTRAS

Info

rmac

ión

válid

a en

el m

omen

to d

e im

pres

ión:

Sep

tiem

bre

2017

Parque Tecnológico de ValenciaRonda G. Marconi, 6 • 46980 Paterna. Valencia, EspañaTel: (+34) 961 366 150 • Fax: (+34) 961 366 151info@sistemasgenomicos.comwww.sistemasgenomicos.com

Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES) es una organización líder en el análisis de ADN y ARN en España, siendo la única a nivel nacional que cubre todo el ciclo de v ida del ser humano, desde los gametos hasta e l deceso. P ionera en la secuenciación masiva y en la utilización de tecnología de este tipo, su misión es poner al servicio de la sociedad la investigación genética. Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES) colabora en distintos proyectos a medida de I+D+i, con el objetivo de ofrecer esa nueva investigación a la industria y a la sociedad. El activo más importante son los más de 100 profesionales que integran la organización, ya que cuentan con una amplia experiencia en el campo de la bilogía molecular, bioinformática, medicina y genética.

Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES) constituye la división de genética del Grupo Biomédico ASCIRES, centra su actividad en diagnóstico y tratamiento, reinvirtiendo anualmente una media del 20% de los beneficios en I+D+i, lo que permite estar a la vanguardia en incorporación de tecnología y los últimos avances científicos. Todo ello con un equipo de 700 personas trabajando en medicina personalizada que comparten señas de identidad: vocación por el paciente, pasión por la innovación tecnológica y humanización del tratamiento

2003Apertura división biomédica

2005Participación en el mayor proyecto de secuenciación de genomas realizado en España “International Tomato Genome Sequencing Project”

2006Inauguración IVGEN (Instituto Valenciano de Genética)

2006Certificación ISO9001 para unidades de secuenciación Sanger

2011VENOMICS: Aprobación proyecto FP7 de secuenciación masiva de toxinas para el desarrollo de nuevos fármacos basados en sustancias venenosas

2014Lanzamiento de GeneSystems, una innovadora herramienta de análisis e interpretación de datos masivos

2014Obtención certificado CLIA-USA

2014Registro del primer producto con marcado CE para diagnóstico (Kits de secuenciación masiva)

2015Certificación ISO13485 para la fabricación de productos sanitarios para diagnóstico in vitro

2016Concesión 3 proyectos H2020: GOODBERRY, DESIREE y LIQBIOPSENS

2017Nace ASCIRES, grupo biomédico

1998Creación de Sistemas Genómicos

2005Fusión con el Institut de Genètica Mèdica i Molecular (IGEM)2006Nueva sede en el Parque Tecnológico de Valencia2006Certificación ISO9001 para la unidad de diagnóstico genético preimplantación

2011LIFE: Concesión de proyecto LIFE: Desafío integral al cáncer de mama

2012Acreditación ISO15189 en el área de diagnóstico genético preimplantación

2013FRAILOMIC: Aprobación proyecto FP7 para la aplicación de biomarcadores para determinar los factores de fragilidad

2014Obtención de la licencia de fabricantes de producto sanitario (Kits de secuenciación masiva) otorgado por la AEMPS

2014Creación de la primera patente, resultado del proyecto LIFE2015Obtención sello Pyme Innovadora

2015Ampliación de la licencia de fabricantes de producto sanitario (software de análisis bioinformático) otorgado por la AEMPS

2016Registro del sofware GeneSystems con marcado CE para producto sanitario

ACREDITACIÓN / CERTIFICACIÓN PARTICIPACIÓN INTERLABORATORIOS

Sistemas Genómicos (Grupo ASCIRES)