Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso,...

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Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso, edición 2011 Herramientas y recursos para estimar y mejorar la aptitud para el uso (fitness-for-use) de los datos de biodiversidad Manuel Vargas Del Valle ([email protected]) Coordinador de la Unidad de Desarrollos Informáticos Instituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio) Buenos Aires (Argentina) 30 septiembre 2011

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Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso, edición 2011

Herramientas y recursos para estimar y mejorar la aptitud para el uso (fitness-for-use) de los datos de biodiversidad

Manuel Vargas Del Valle ([email protected])Coordinador de la Unidad de Desarrollos InformáticosInstituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio)

Buenos Aires (Argentina)30 septiembre 2011

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Resumen

Esta presentación es una recopilación de herramientas

y recursos para estimar y mejorar la aptitud para el uso

(fitness-for-use) de los datos sobre biodiversidad.

Esta charla es una traducción de la elaborada en inglés

por Nicolas Noé y Meherzad Romer, y traducida

también al francés por ellos mismos.

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Contenidos

Herramientas para metadatos

Herramientas para datos espaciales

Herramientas para datos tabulares

Fuentes de datos

Documentos

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Herramientas

Metadatos

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IPT(y Dwc-A)

http://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/

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Geographic coverage metadata in IPT

IPT (y Dwc-A)

http://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/

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Darwin Core Archive Validatorhttp://tools.gbif.org/dwca-validator/

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Darwin Core Archive Validatorhttp://tools.gbif.org/dwca-validator/

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Herramientas

Datos espaciales

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GeoLocatehttp://www.museum.tulane.edu/geolocate/

• Carga de datos individual o en lote

• Visor con varias capas

• Pueden hacerse correcciones moviendo la localidad o dibujando un polígono

• Se pueden añadir comentarios, ignorar registros y corregir registros similares

• Versiones para Internet, escritorio y trabajo colaborativo

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InfoXYhttp://splink.cria.org.br/infoxy?criaLANG=en

• Recibe coordenadas en lat/long 

• Puede realizar procesamientos en lote

• Salida: html o MS Excel

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spOutlierhttp://splink.cria.org.br/outlier?&setlang=en

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spOutlier

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Calculadora de georreferenciación

Entrada:Coordenadas,desplazamientos y distancias,fuentes de incertidumbre

Devuelve:CoordinatesEstimados de error

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Diva-GIShttp://www.diva-gis.org/

• Software SIG básico

• Gratuito• Orientado a

biología• Vectorial/

Raster• Compatible 

con muchos formatos

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Quantum GIShttp://www.qgis.org

• Software SIG de propósito general

• Libre• Acepta capas

geográficas de Bds y servicios web

• Mac/Linux/Windows

• Vectorial/Raster• Extendible con

Python• Systema de

agregados• Comunidad de

desarrolladores

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Rhttp://www.r-project.org

Lenguaje y ambiente de desarrollo para estadística.

• Análisis y graficación.

• Extendible e integrable con muchas otras aplicaciones libres: SIG, otros lenguajes, ecología, etc.

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Herramientas

Datos tabulares

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Separador (parser) de nombres

• Atomiza nombres científicos

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“Separador de nombres”

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Buscador de nombreshttp://tools.gbif.org/namefinder/

• Encuentra nombres científicos

Entradas:• Archivo

• URL

• Texto libre

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Buscador de nombres

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Marcador de taxonesEntradas:• Url• PDF

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Marcador de taxones

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Checklist Bank

Output:Higher taxonomy 

Input:Scientific Names

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Darwin Test

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• Mapas fáciles de hacer• Mantiene datos en línea

Tables de Fusión de Google

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“Scripting”/lenguajes dinámicos...y el viejo SQL

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Fuentes de datos

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OpenStreetMap"Wikipedia de mapas"

http://www.openstreetmap.org

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Thesauri

• “Checklists”:o Peces : Fishbaseo Animales: Index to Organism Name

(ION)o Mamíferos: Mammal Species of the

World (MSW)o Bacterias: List of Bacteria with

Standing in Nomenclature (LBSN)• ...

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Documents

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Informe de situación de GBIFPlanes y recomendaciones para mejorar la aptitud de uso de los datos en la red de GBIF

http://www.gbif.org/orc/?doc_id=2777

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Inventario BDQ de GBIF de España

http://www.gbif.es/BDQ.php

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Centro de recursos en Internet de GBIFhttp://www.gbif.org/orc/

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Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso, edición 2011

Herramientas y recursos para estimar y mejorar la aptitud para el uso (fitness-for-use) de los datos de biodiversidad

Manuel Vargas Del Valle ([email protected])Coordinador de la Unidad de Desarrollos InformáticosInstituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio)

Buenos Aires (Argentina)30 septiembre 2011