Post on 11-Mar-2020
Proteómica de expresión diferencial
Lucía Monteoliva Díaz
TIPOS DE PROTEÓMICA
• PROTEÓMICA DE EXPRESIÓN– Estudio cuantitativo de la expresión de proteínas entre muestras
que difieren en alguna variable.– Comparación de proteomas y subproteomas– Identificación de nuevas proteínas implicadas en transducción
de señales, proteínas específicas de enfermedad, función de las proteínas,...
Proteómica de expresión
Permite estudiar rutas celulares y sus cambios por enfermedad, uso de medicamentos u otros estímulos.
Células hepáticas
Fibroblastos
Proteómica de expresión
SELDI-TOF
Aproximaciones en gel
Aproximacionesbasadas en MS
Proteómicade Expresión
1. Flujo de trabajo clásico: 2-DE y tinción de plata u otros métodos de detección
2. 2D-DIGE: Cy3/Cy5 or Cy3/Cy5/Cy2
Marcaje con isótopos estables y MS:1. Marcaje metabólico (SILAC), 2. Marcaje químico (ICAT) others
(Patterson & Aebersold, Nature genetics, 2003)
Proteómica de expresión
Mapas de expresión de proteínasDetectas isoformas (modificaciones postraduccionales y procesamientos)
CUANTIFICACIÓN Y COMPARACIÓN
Estudio global de los cambios de la expresión de las proteínas en las células utilizando geles bidimensionales y análisis de imágenes
Aproximación en gel
2-DE
Análisis de Imagen
Corte de lasproteínas
Digestión
MALDI-TOF MS (huella peptídica)
Búsqueda en bases de
datos
Identificación poco clara
ESI-MS/MS oMALDI TOF-TOF (MS/MS)
Secuenciación y búsqueda en bases de
datos
MW
pI
Sample A Sample B
o
2-DE: Flujo clásico
b1
b2b3
y1
y2
y3
LF
K
G
G L
K
F
Rela
t ive In
tensi
ty
m/z
Identificación
(Monteoliva and Albar, 2004)
Proteómica de expresión silvestre mutante
1A1B
1C
2A2B
2C
3A3B
3C
1’A1’B
1’C
2’A2’B
2’C
3’A3’B
3’C
1,2,3: variación biológicaA,B,C: variación gel/gel
Melanie, PDQuest, ImageMaster Platinium software programs
ANÁLISIS DE IMAGEN
Proteómica de expresión: Cuantificación y comparación
Resultados obtenidos: 1. Gel con proteínas de expresión diferencial
detectadas
2-DE
Análisis de Imagen
Corte de lasproteínas
Digestión
MALDI-TOF MS (huella peptídica)
Búsqueda en bases de
datos
Identificación poco clara
ESI-MS/MS oMALDI TOF-TOF (MS/MS)
Secuenciación y búsqueda en bases de
datos
MW
pI
Sample A Sample B
o
2-DE: Flujo clásico
b1
b2b3
y1
y2
y3
LF
K
G
G L
K
F
Rela
t ive In
tensi
ty
m/z
Identificación
(Monteoliva and Albar, 2004)
m/z2,0001,9001,8001,7001,6001,5001,4001,3001,2001,1001,000900800700600
Inte
nsity
11,500
11,000
10,500
10,000
9,500
9,000
8,500
8,000
7,500
7,000
6,500
6,000
5,500
5,000
4,500
4,000
3,500
3,000
2,500
2,000
1,500
1,000
500
1881
.89
1773
.884
1753
.809
1687
.825
1639
.921
1632
.953
1615
.852
1597
.751
1581
.751555
.703
1439
.812
1428
.674
1383
.826
1375
.708
1334
.714
1326
.677
1271
.695
1249
.642
1200
.691
1168
.657
1137
.569
1091
.576
1074
.584
1045
.541
1026
.41810
13.4
9399
8.64
699
4.40
898
2.51
977.
5696
4.55
4
927.
51
874.429
855.
083
830.
464
803.
516
795.
425
780.
408
733.
435
712.
326
688.
384
647.
374
644.
015
628.
162
1.96
660
6.02
8
748.
436
847.
502
1019
.529
1305
.689
1346
.747
1351
.697
1392
.69
1533
.738
1571
.749
1606
.855
Resultados obtenidos: 2. Tabla con proteínas de
expresión diferencial
identificadas
AUTOMATIZACIÓN
2-DE: Aplicaciones
•Estudios Microbiologicos
•Interacción huésped-patógeno
•Cancer
Proteómica de expresión
SELDI-TOF
Aproximaciones en gel
Aproximacionesbasadas en MS
Proteómicade Expresión
1. Flujo de trabajo clásico: 2-DE y tinción de plata u otros métodos de detección
2. 2D-DIGE: Cy3/Cy5 or Cy3/Cy5/Cy2
Marcaje con isótopos estables y MS:1. Marcaje metabólico (SILAC), 2. Marcaje químico (ICAT) others
(Patterson & Aebersold, Nature genetics, 2003)
Proteómica de expresión:2D-DIGE
C1 C2 C3 T4 T5 T6
6 geles x triplicado = 18 gelesTinción: SYPRO Ruby
Adquisición de imagen
Análisis de imágenes:
- Software de 2-D análisis
- La abundancia de los “manchas” viene
determinada por el densitometrado
del mismo.
control tratado
Al menos 3 réplicas biológicasCada una de ellas, al menos 3 veces(para reducir la variabilidad de la técnica)
18 imágenes parahacer coincidir!!
Abordaje tradicional para estudiar expresión diferencial con geles 2-DPRINCIPALES PRINCIPALES PROBLEMASPROBLEMAS
Muestra 1marcada con Cy3
Estándar Interno marcado con Cy™2
Muestra 2marcada con Cy5 Cy5
Cy3
Cy2
Sistema Ettan DIGE
Marcaje con fluorocromos y mezcla
de extractos
Marcaje con fluorocromos y mezcla
de extractos2D-PAGE2D-PAGE
Adquisición de imágenes (3 por gel)
Adquisición de imágenes (3 por gel)
Análisis de las imágenes
Análisis de las imágenes
DIGE (Differential in gel electrophoresis) (Amersham Biosciences)
Corte de las proteínas
Identificación por espectrometría
marcaje
Mezcla de extractos marcados
2-D separación: 1 solo gel
Adquisición de imágenes
Análisis de imágenes
Selección de proteínas de
interés
StandardCy2
ControlCy3
TratadoCy5
NHS reactive group
N
N+
N
O O
O
O
Dye+pH 8.5
protein
+H3N-protein
N+
N
O NH
Dye+
Cy-Dye
Hay tres fluorocromos Cy3, Cy5, Cy2.
Marcaje mínimo: De forma que sólo el 1-2% de las proteínas va a estar marcadas
-No modifican el pI, ya que el residuo + que se pierde tras el ataque nucleofílico lo gana porque se lo aporta el fluoróforo.
- Aumenta la masa de la proteína 450 Da
Fluorocromos o Dyes
El fluorocromo se une covalentemente a los grupos epsilon de las Lys.Las muestras deben estar a pH ≈ 8, para que este grupo sea reactivo.
488 520 532 580 633 670λ
Cy2Cy3
Cy5E
Tienen espectros de emisión a diferentes longitudes de onda
Sample Preparation • Cell disruption• Protein precipitation• Solubilization• Protection against protease activities• Removal of:
–nucleic acids–lipids–salts, buffers, ionic small molecules–insoluble material
Marcaje con fluorocromosMarcaje previo a la separación de las muestras
Control Tratado
Protocolo de marcaje
Estándar Interno
Parar la reaccióncon Lys
30 min, 4ºCen la oscuridad
Mezclar el fluorocromo y las proteínas
50 µg proteína 400 pmol Dye
Reconstituir los fluorocromos
30 min, 4ºCen la oscuridad
Cy5 Cy3 Cy2
Cada muestra está marcada con un Dye diferente
50 µg 50 µg 50 µg
Muestra ACy3
Muestra B Cy5
λCy3 λCy5
Sample ACy3
Pooled internal
Standard Cy2
Sample B Cy5
Cy3/Cy2Cy5/Cy2
λCy3 λCy2 λCy5
Normalización Differential expresed
proteins
Cuantificación y análisis estadísticos
DIGE: DISEÑO EXPERIMENTALDIGE: DISEÑO EXPERIMENTAL
Proteínas expresadas diferencialmente
Mezclar extractos marcados
Tinción e identificación
electroforesis 2-D
Captar la imagen del gel
Análisis de imagenes
Marcaje
Cy3/C
y5
Cy3/C
y5/Cy2
(Monteoliva & Albar, Briefings in Functional genomics and proteomics, 2004)
2-D DIGE con standard interno
Muestra 2 (Cy5)Muestra 1 (Cy3)
Gel A
Muestra 3 (Cy3) Muestra 4 (Cy5)
Gel B
Standard (Cy2)
Standard (CyTM2)
Elimina la variación gel/gel y aumenta la precisión estadistica en la medida de las variaciones biologicas
Estos datos pueden llevar a diferentes conclusiones
Sin standard interno
Con standard interno
Standard interno: Mezcla de alicuotas de todas las muestras del experimentoCada “spot” se compara con el mismo en el Standard internoPunto de referencia
2-D DIGE con standard interno
Usar marcaje inverso
STANDARD Control 1 Treated 1
STANDARD Control 2 Treated 2
STANDARD Treated 3 Control 3
STANDARD Treated 4 Control 4
Gel A
Gel B
Gel C
Gel D
DIGE: DISEÑO EXPERIMENTALDIGE: DISEÑO EXPERIMENTAL
52 proteins
42 overlooked without Internal Standard
DIGE: DIGE: ApplicacionesApplicaciones
•Toxicología •Toxicidad hepática en modelos animales:
•Paracetamol •Hydrazine
•Estudios clínicos: •Cáncer
•Carcinoma esofaringeo•Cáncer de pecho•Cáncer colorectal
•Aplicaciones relacionadas con neurociencias:•Expresión de proteínas relacionadas con envejecimiento•Proteínas relacionadas con stress•etc
•Respuesta inmune en Drosophila melanogaster •Etc,
APLICACIÓN DE LA ELECTROFORESIS BIDIMENSIONAL APLICACIÓN DE LA ELECTROFORESIS BIDIMENSIONAL
DIFERENCIAL MEDIANTE FLUOROCROMOS (DIGE) EN EL DIFERENCIAL MEDIANTE FLUOROCROMOS (DIGE) EN EL
ANÁLISIS DE LA EXPRESIÓN DE PROTEÍNAS EN ACIDEMIA ANÁLISIS DE LA EXPRESIÓN DE PROTEÍNAS EN ACIDEMIA
METILMALÓNICA METILMALÓNICA
5
10
1112
1314
16
17
15
18
1920 21
222624
2528 2730
31 3233
34
35 3637
38 39
41
4042
4344 454647
484949 5051
52
53
545556
57
585960
61
1 234
67
8 9
23
29
5*
10
1112
1314
1617
15
18
1920 21
22* 26
24*
25 28* 27*
303132*33
34
35* 3637
38* 39
41
40
42 4
344
45
4647
4849 5051
52
53
545556
57
5859 6061
1 234
67 8 9
23*
29
61 formas proteicas deexpresión diferencial(t-student ≤0.05): -27 aumentan, ratio c/p: ≥1,5 -34 disminuyen,ratio c/p: ≤-1,5
5
10
1112
1314
16
17
15
18
1920 21
222624
2528 2730
31 3233
34
35 3637
38 39
41
4042
4344 454647
484949 5051
52
53
545556
57
585960
61
1 234
67
8 9
23
29
5*
10
1112
1314
1617
15
18
1920 21
22* 26
24*
25 28* 27*
303132*33
34
35* 3637
38* 39
41
40
42 4
344
45
4647
4849 5051
52
53
545556
57
5859 6061
1 234
67 8 9
23*
29
50
60
17
61
56
46
5
10
1112
1314
16
17
15
18
1920 21
222624
2528 2730
31 3233
34
35 3637
38 39
41
4042
4344 454647
484949 5051
52
53
545556
57
585960
61
1 234
67
8 9
23
29
5*
10
1112
1314
1617
15
18
1920 21
22* 26
24*
25 28* 27*
303132*33
34
35* 3637
38* 39
41
40
42 4
344
45
4647
4849 5051
52
53
545556
57
5859 6061
1 234
67 8 9
23*
29Changes in expression levels of protein isoforms
1112
18 16 17
5
Alpha 2 type VI collagen
12
18
CONTROL/PATIENT
12
1818
5
CONTROL/PATIENT
Identificaction of global protein changes during Candida albicans yeast-to hypha
transition using a novel proteomic workflow based on 2D-DIGE and
preparative IEF
http://www.ucm.es/info/mfar/U1/index.htm
Candida albicans
• Hongo dimórfico, patógeno oportunista
• Importancia de la candidiasis sistémica en pacientes inmunocomprometidos
• Factores de virulencia:- Capacidad de adhesión-Secreción de hidrolasas y proteasas-Transición dimórfica
6h Medio de Lee
37ºC pH 6.7
hifas
37ºC pH 4.3
levadura
105 cells/ml
Candida albicans
Extractos citoplasmáticos
(Monteoliva & Albar, Briefings in Functional genomics and proteomics, 2004)
Muestra ACy3
Standardinterno
Cy2Muestra B
Cy5
Cy3/Cy2Cy5/Cy2
λCy3 λCy2 λCy5
NormalizaciónProteinas de expresion
diferencial
Cuantificación y análisis estadístico
Mezcla de extractos marcados
Tinción del gelCorte e identificación por MS
2-DE
Obtención de imágenes
Análisis de imágenes
Marcaje
2D-DIGE
488 520532 580 633 670λ
Cy2 Cy3
Cy5E
150μg de proteína (3 muestras) 1D: IPG strips 18 cm, 3-11NL 2D: 12,5% Acrilamida
Gel Cy2 Cy3 Cy5
1 Estándar interno Yeast 1 Hypha 4
2 Estándar interno Hypha 3 Yeast 2
3 Estándar interno Yeast 3 Hypha 2
4 Estándar interno Hypha 1 Yeast 4
pH 3 11
Gel1:Y1 + St + H4
Gel2: H3+ St +Y2
Gel3: Y3 + St + H2
Gel4: H1 + St + Y4
Análisis de las imágenes
Software de análisis de imagen “automático”.Permite la detección / cuantificación / emparejamiento / análisis de Geles
Capacidad “multiplexing analyses”.
Aumentan
1060 1073
1082
1084
1094 1116
1123 1132
1142
1145
1154 1168
1340
261 265
272
285 287
288
289
293
326 328
367
441 513 516
563 593
646
647
649
665 667 670
671
681 683
684 689
692 719
773 814 833 849
854 857
864
865 892
929
“spots” detectados: 2974106 con variación significativa: Y/H(t-student ≤0.05) (9 images):
-41 aumentan, ratio ≥1,3 -65 disminuyen, ratio ≤-1,3
1060 1073
1082
1084
1094 1116
1123 1132
1142
1145
1154 1168
1340
261 265
272
285 287
288
289
293
326 328
367
441 513 516
563 593
646
647
649
665 667 670
671
681 683
684 689
692 719
773 814 833 849
854 857
864
865 892
929
665: 2,59/7.0e-005
1060 1073
1082
1084
1094 1116
1123 1132
1142
1145
1154 1168
1340
261 265
272
285 287
288
289
293
326 328
367
441 513 516
563 593
646
647
649
665 667 670
671
681 683
684 689
692 719
773 814 833 849
854 857
864
865 892
929
1082: 2,33/0.00028
1000 1006
1011 1040
1093 1096
1166
117
1173 1185
1258 1270
209
218
294 312
333 358
415
420 432
478 488
504 533
608
633
653
680 703 714
726
735 760 761 765 767
872 909
922 923
924 940 941 945
Disminuyen
• Tinción de geles (plata)• Nuevos geles (Coomassie coloidal)• Corte y digestión de las proteínas
diferenciales
1000 1200 1400 1600 1800 2000 2200 2400 2600 2800m/z0
100
%
1619.28968.64
836.58
893.67
1251.93
969.70
970.69
1013.80
1060.23
1061.26
1252.97
1254.00
1570.17
1448.14
2313.69
2312.761621.14
1670.25
1671.24
1672.14
1873.46
1853.38 2019.571876.41
2271.83
2036.57
2314.75
2315.80
2366.83
2367.90
2368.85
2369.912718.09
• Identificación: MALDI-TOF/TOF
Identificaión por huella peptídica o fragmentación
Ipf6629
Hps10.3
Pmm1
Rib3Rib3
Rib5
Aco1p
Ipf17186
Eft2
Bmh1
Rpl10E
Tal1
Yst1
Atp2
Ilv5
Sti1
(Hsp70)Ssa4
Ade1
IPF3923
Cdc19
Ade17
Gdh3Hxk2.3
Tdh3
Pgk1Adh1
Cys3
Aat1
Hsp90
Uba1
Pgm2
Ilv5 Pot14
Ipf4065
Rpl10E+Yst1
Thi13
Hem13Gre3
Thi4+Ifd4Thi4+IPF1943
Tsa1
Rps12
Tkl1
Zwf1
Tpm2
pH 3 11
Rps5
Act1
Hsp60
Rib3
Rib5
Ipf17186
Bmh1
Rpl10E
Tal1
Yst1
Atp2
Ilv5
Sti1
(Hsp70)Ssa4
Ade1
Hsp90
Uba1
Pgm2
Ilv5
Ipf4065
Rpl10E+Yst1
Tsa1
Rps12
Tpm2
Rps5
Hsp60
Identificación de 46 proteínas de
expresión deferencial (61 spots):
-22 proteínas-24 proteínas
Fraccionamiento según pI: -20 mg de extracto citoplásmico de levaduras
Se recogen 20 fracciones en distintos intervalos de pHs: - Fracciones 1-4: pH 4,5-5,5: subproteoma ácido
IEF preparativo en solución
geles 2D (pH 4,5-5,5 IPGs)
LC-LTQ
Análisis del subproteoma ácido de C. albicans
Identificación de proteínas
MALDI-TOF/TOF
88 proteínas identificadas
48 proteínas identificadas
(58 spots)
104 Proteínas identificadas
Diseño de estrategias para el análisis de de la expresión diferencial de proteínas entre
levaduras e hifas de C. albicans en el subproteoma ácido:
Mejora de la resolución y sensibilidad del DIGE
Yeast Cytoplasmic extract
Hyphae Cytoplasmic extract20 Fraction collected
after separation according to pH by
means of ROTOFOR20mg 20mg
4,5 5,5 6,5pH 4,5 5,5 6,5pH
Fractions 1-4(pH 4,5-5,5)
Fractions 5-6(pH 5,5-6,5)
Fractions 1-4(pH 4,5-5,5)
Fractions 5-6(pH 5,5-6,5)
Two different strategies
+250ug50ug Cy525ug Cy2
250ug50ug Cy325ug cy2
Fractions 1-4(pH 4,5-5,5)
Fractions 1-4(pH 4,5-5,5)
4,5 5,5+
500ug Fractions 1-4(pH 4,5-5,5)
+
4,5
5,5
5,5
5,5
5,5 6,5
500ug Fractions 5-6(pH 5,5-6,5)
+
6,5
500ug Fractions 1-4(pH 4,5-5,5)
4,5 5,5
40ug Cy3 yeast cytoplasmic extract40ug Cy5 hyphae cytoplasmic extract40ug Cy2 (yeast+hyphae cytoplasmic extracts)
500ug Fractions 5-6(pH 5,5-6,5)
40ug Cy5 yeast cytoplasmic extract40ug Cy3 hyphae cytoplasmic extract40ug Cy2 (yeast+hyphae cytoplasmic extracts)
pH 4,5-5,5
pH 4,5-5,5 pH 5-6
Pst3
Orf19.2755
Ino1
Sti1
Ilv5
Orf19.1862
Ahp1
Tkl1
Thi13
Snz1 + Mdh1
Ara1
Pfy1IPF4065
Ahp1
Rdi1
Ilv5Ilv5+Gre2 Ade1Cip1 Sou1
Asr2Orf19.7269+Tsf1
Rps12
Pdi1
Hsp31
Tsa1
Pdi1
pH 4.5 5.5 pH 5 6
Tal1
Rpl10Yst1
Yst1 (2)
Aat1 (2)
Hxk2,3 (1)
Pgm2
Hxk2,3 (2)
Tpm2
Hsp60
Hsp90
Pot14 (1)
Adh1 (1)
Adh1 (2)
Sti1
Hsp10,3
Rps5
Tsa1 (1)
Aat1 (1)
Act1
Adh1 (3)
IPF3367
Rib5
Pot14 (2)
Tsa1 (2)
Cys3
IPF14662 (GRE3)
Adh1 (4)
Hem13
Rpl10E (2)
Tsa1 (3)
Ssa4
Tal1
Bmh1
Pmm1
Uba1
Rps12
Ifd4
Thi4 (1)
IPF1943
Thi4 (2)
Gdh3
IPF4065
Thi13
Eft2 (2)
Ade17
Cdc19 (2)
Zwf1
IPF17186 (1)
Ade1
Atp2
Aco1
Ade1
Ahp1 (2)
Ara1
Asr2
Cip1 (2)
Ilv5 (3)
Ino1
IPF4605
IPF24655.1 (2)
Pdi1, Pdi1
Pfy1
Pst3
Rdi1
Rpl10
Sou1
Sti1
Tal1
Thi13
Tkl1
Tsa1 (2)
Yst1
Geles 3-11Geles ácidos
Cdc19 (1)
Ilv5 (2)
Tkl1
IPF3923
Tdh3
IPF6629
Ilv5 (1)
Eft2 (1)
Rib3 (1)
Pgk1
Rib3 (2)
Rpl10E (1)
Yst1 (1)
Validación
Análisis e integración de datos
Category p-value In Category from Cluster
sugar, glucoside, polyol and carboxylate anabolism 4.785e-07 GAL1 SEC53 INO1 TAL1 PGM2
sugar, glucoside, polyol and carboxylate catabolism 3.245e-05 GAL1 SEC53 GRE3 TAL1 PGM2
protein folding and stabilization 6.327e-05 PDI1 SSA4 HSP10 STI1 HSP82
cell growth / morphogenesis 0.00169 BMH2 ACT1 TPM1 STI1 PFY1
protein binding 0.001841BMH2 SSA4 UBA1 TPM1 HSP10 STI1 PFY1
protein modification 0.002084 PDI1 SEC53 APE2
metabolism of energy reserves (e.g. glycogen, trehalose)
0.002195 BMH2 PGM2 HSP82
budding, cell polarity and filament formation 0.002866 RDI1 BMH2 ACT1 RPS0A TPM1 PFY1
unfolded protein response (e.g. ER quality control) 0.003982 SSA4 HSP10 STI1
translation elongation 0.004238 TEF4 RPP0
actin dependent transport 0.004695 ACT1
pentose-phosphate pathway 0.005984 TAL1 PGM2
bud / growth tip 0.009114 ACT1 TPM1
actin cytoskeleton 0.00997 RDI1 TPM1 PFY1
Aumentan en hifas
GO Biological Process
Análisis e integración de datos
GO Biological Process (1695 categories)
Category p-value In Category from Cluster
oxidation reduction [GO:0055114]2.841e-10
GDH3 ADH5 ARA1 TDH3 MDH1 XYL2 AHP1 ACO1 ILV5 ARA2 ZWF1 GRE2 GCY1 YPL088W
metabolic process [GO:0008152]2.583e-07
GDH3 ADH5 PAA1 YGR012W TDH3 MDH1 XYL2 ACO1 ILV5 SNZ1 ZWF1 GRE2 TKL1
vacuolar protein catabolic process [GO:0007039]
0.0009331
GDH3 PDI1 AHP1 ACO1 PRC1
mitochondrial genome maintenance [GO:0000002]
0.001618 THI4 ACO1 ILV5
thiamin biosynthetic process [GO:0009228] 0.001742 THI13 THI4 SNZ1
'de novo' IMP biosynthetic process [GO:0006189]
0.005149 ADE1 ADE17
glutamate biosynthetic process [GO:0006537]
0.005733 GDH3 ACO1
L-ascorbic acid biosynthetic process [GO:0019853]
0.006058 ARA2
glutamate metabolic process [GO:0006536] 0.006058 GAD1
negative regulation of transcription by carbon catabolites [GO:0045013]
0.006058 ZWF1
carbohydrate metabolic process [GO:0005975] 0.008862 ARA1 MDH1 XYL2 ZWF1
Disminuyen en hifas
Análisis e integración de datos
Análisis e integración de datos
Disminuyen
Aumentan
Análisis e integración de datos
Metabolismo de azúcares
Obtención de energía
Otros procesos metabólicos:-biosíntesis de purinas-biosíntesis de aa-biosíntesis de vitaminas
Polimerización de actina
Plegamiento y síntesis de proteínas
Oxidoreducción
Procesos con cambios significativos en levaduras e hifas de C. albicans
Glucose
Glucose-6-p
Fructose-6-p
Fructose-1-6-bip
Glyceraldehyde-3-p
pyruvate
Hxk2
Tdh3
Pgk1
Cdc19
Glycolysis
Hxk2Fructose
Aerobic respiration (Atp2, Rib3)
TCA
Aco1Adh1
Fermentation
Gdh3glutamate
Ilv5
valine
leucine
Amino acid biosynthesis
Pgm2
Ino1 Phosphatidil inositol biosynthesis
GPI proteins and phospholipids
Pmm1GDP-Mannose
UDP-Glucose-1-p β-Glucans synthesis
Protein N- andO- glycosilation
Cell wall and membrane components biosynthesis
Penthoses phosphate pathway
Glucose-6-pZwf1
Tkl1
Tal1
Fructose-6-pErythrose-4-pTkl1
Glyceraldehyde-3p
Ribose-5-p
Glyceraldehyde-3-p
OxidoreducciónCategory p-value In Category from Cluster
oxidation reduction [GO:0055114] 2.841e-10 GDH3 ADH5 ARA1 TDH3 MDH1 XYL2 AHP1 ACO1 ILV5 ARA2 ZWF1 GRE2 GCY1 YPL088W
Cip1
Polimerización de actina
UNIDAD DE PROTEÓMICA UCM-PARQUE CIENTÍFICO DE MADRID
•Antonio Serna•María Luisa Hernaez •María Dolores Gutierrez•Pilar Ximenez de Embun
DEPARTAMENTO DE MICROBIOLOGÍA II
•Lucía Monteoliva Díaz•Raquel Martinez•Aída Pitarch•Concha Gil García
SERVICIO DE PROTEÓMICA.CENTRO NACIONAL DE BIOTECNOLOGÍA
•Juan Pablo Albar
Nombre Fundamento
2D-DIGE® 2D-Difference Gel Electrophoresis(GE Healthcare Life Sciences)
Marcaje del extracto protéico con fluorocromos (Cy2, Cy3, Cy5) y separación mediante 2-DE.
SILAC Stable Isotope Labeling with Amino Acids in cell Culture
Marcaje de las proteínas in vivo mediante crecimiento del cultivo en medios con Lisina, Arginina, Metionina o Tirosina en versiones ligera y pesada.
cICAT® cleavable Isotope-Coded Affinity tags(Applied BioSystems)
Marcaje de las proteínas con etiquetas ligera o pesada que, tras la digestión enzimática, permiten el enriquecimiento en péptidos marcados mediante cromatografía de afinidad
Marcaje enzimático
Incorporación de isótopos estables mediante reacción enzimática
Incorporación de 16O y 18O a los péptidos durante la digestión proteolítica, realizando ésta en agua ligera o agua pesada
iTRAQ® isobaric Tags for Relative and Absolute Quantification(Applied BioSystems)
Marcaje de los péptidos después de la digestión tríptica con distintas etiquetas isobáricas
(L. Monteoliva, Industria Farmaceútica, nº 139, 2008)
Artículos Reviews
2D-DIGE® 444 27
SILAC 133 9
ICAT® 309 27
iTRAQ® 165 12
PubMed