Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso, edición 2011

Herramientas y recursos para estimar y mejorar la aptitud para el uso (fitness-for-use) de los datos de biodiversidad

Manuel Vargas Del Valle (mvargas@inbio.ac.cr)Coordinador de la Unidad de Desarrollos InformáticosInstituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio)

Buenos Aires (Argentina)30 septiembre 2011

Resumen

Esta presentación es una recopilación de herramientas

y recursos para estimar y mejorar la aptitud para el uso

(fitness-for-use) de los datos sobre biodiversidad.

Esta charla es una traducción de la elaborada en inglés

por Nicolas Noé y Meherzad Romer, y traducida

también al francés por ellos mismos.

Contenidos

Herramientas para metadatos

Herramientas para datos espaciales

Herramientas para datos tabulares

Fuentes de datos

Documentos

Herramientas

Metadatos

IPT(y Dwc-A)

http://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/

Geographic coverage metadata in IPT

IPT (y Dwc-A)

http://code.google.com/p/gbif-providertoolkit/

Darwin Core Archive Validatorhttp://tools.gbif.org/dwca-validator/

Darwin Core Archive Validatorhttp://tools.gbif.org/dwca-validator/

Herramientas

Datos espaciales

GeoLocatehttp://www.museum.tulane.edu/geolocate/

• Carga de datos individual o en lote

• Visor con varias capas

• Pueden hacerse correcciones moviendo la localidad o dibujando un polígono

• Se pueden añadir comentarios, ignorar registros y corregir registros similares

• Versiones para Internet, escritorio y trabajo colaborativo

InfoXYhttp://splink.cria.org.br/infoxy?criaLANG=en

• Recibe coordenadas en lat/long 

• Puede realizar procesamientos en lote

• Salida: html o MS Excel

spOutlierhttp://splink.cria.org.br/outlier?&setlang=en

spOutlier

Calculadora de georreferenciación

Entrada:Coordenadas,desplazamientos y distancias,fuentes de incertidumbre

Devuelve:CoordinatesEstimados de error

Diva-GIShttp://www.diva-gis.org/

• Software SIG básico

• Gratuito• Orientado a

biología• Vectorial/

Raster• Compatible 

con muchos formatos

Quantum GIShttp://www.qgis.org

• Software SIG de propósito general

• Libre• Acepta capas

geográficas de Bds y servicios web

• Mac/Linux/Windows

• Vectorial/Raster• Extendible con

Python• Systema de

agregados• Comunidad de

desarrolladores

Rhttp://www.r-project.org

Lenguaje y ambiente de desarrollo para estadística.

• Análisis y graficación.

• Extendible e integrable con muchas otras aplicaciones libres: SIG, otros lenguajes, ecología, etc.

Herramientas

Datos tabulares

Separador (parser) de nombres

• Atomiza nombres científicos

“Separador de nombres”

Buscador de nombreshttp://tools.gbif.org/namefinder/

• Encuentra nombres científicos

Entradas:• Archivo

• URL

• Texto libre

Buscador de nombres

Marcador de taxonesEntradas:• Url• PDF

Marcador de taxones

Checklist Bank

Output:Higher taxonomy 

Input:Scientific Names

Darwin Test

• Mapas fáciles de hacer• Mantiene datos en línea

Tables de Fusión de Google

“Scripting”/lenguajes dinámicos...y el viejo SQL

Fuentes de datos

OpenStreetMap"Wikipedia de mapas"

http://www.openstreetmap.org

Thesauri

• “Checklists”:o Peces : Fishbaseo Animales: Index to Organism Name

(ION)o Mamíferos: Mammal Species of the

World (MSW)o Bacterias: List of Bacteria with

Standing in Nomenclature (LBSN)• ...

Documents

Informe de situación de GBIFPlanes y recomendaciones para mejorar la aptitud de uso de los datos en la red de GBIF

http://www.gbif.org/orc/?doc_id=2777

Inventario BDQ de GBIF de España

http://www.gbif.es/BDQ.php

Centro de recursos en Internet de GBIFhttp://www.gbif.org/orc/

Curso sobre la publicación de datos sobre biodiversidad en la red de GBIF y su aptitud para el uso, edición 2011

Herramientas y recursos para estimar y mejorar la aptitud para el uso (fitness-for-use) de los datos de biodiversidad

Manuel Vargas Del Valle (mvargas@inbio.ac.cr)Coordinador de la Unidad de Desarrollos InformáticosInstituto Nacional de Biodiversidad de Costa Rica (INBio)

Buenos Aires (Argentina)30 septiembre 2011