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Análisis de la calidad del ADN genómico humano extraído a partir de parafina, mediante PCR a tiempo real
REF IMG-310
Reactivos Color Cantidad Conservación
Long Frag Master Mix Disco rosa 110 µl -20ºC
Short Frag Master Mix Disco verde 110 µl -20ºC
General Master Mix Disco blanco 360 µl 4ºC
Positive Control Tapa negra 25 µl -20ºC
Tabla 1. Componentes del QC-DNA-FFPE OncoKitDx
Sonda Receptor Quencher
Short Frag FAMTM MGB
Long Frag FAMTM MGB
Tabla 2. Información de las sondas
Campos Etapa 1
Activación enzimática
Etapa 2
PCR
Nº de Ciclos 1 ciclo inicial
50 ciclos
Desnaturalización Unión de oligonucleótidos/
Extensión
Temperatura 95ºC 95ºC 60ºC
Tiempo 10 minutos 15 segundos 1 minuto*
Tabla 3. Programa de PCR óptimo para el 7500 FAST o StepOne
𝑹𝒂𝒕𝒊𝒐 𝒅𝒆 𝒄𝒂𝒍𝒊𝒅𝒂𝒅 =𝟏. 𝟗𝟑𝑪𝒕 𝟏𝟖𝟑 (𝒄𝒂𝒍𝒊𝒃𝒓.−𝒎𝒖𝒆𝒔𝒕𝒓𝒂)
𝟏. 𝟗𝟐𝑪𝒕 𝟔𝟖 (𝒄𝒂𝒍𝒊𝒃𝒓.−𝒎𝒖𝒆𝒔𝒕𝒓𝒂)𝒙 𝟏𝟎
Ratio de calidad (0-100) Nivel de calidad
>-100 Grado 1 (Aceptable)
1.5 - 4 Grado 2 (Subóptima)
0- 1.5 Grado 3 (Inaceptable)
Tabla 4. Rango de calidades del ADN extraído de tejidos parafinados
Figura 1. Resultados obtenidos mediante el uso de QC-DNA-FFPE OncoKitDx
𝑹𝒂𝒕𝒊𝒐 𝒅𝒆 𝒄𝒂𝒍𝒊𝒅𝒂𝒅 =𝟏.𝟗𝟑(𝟐𝟑.𝟖𝟑−𝟐𝟑.𝟖𝟎)
𝟏.𝟗𝟐 (𝟐𝟐.𝟑𝟔−𝟐𝟒.𝟎𝟏) 𝒙 𝟏𝟎
Control Resultado
Causa Short Frag Long Frag
Control Positivo
(Calibrador)
+ + Resultado esperado
- +
Fallo de amplificación en la PCR1 + -
- -
Muestra
+ + Resultado esperado
+ - Resultado indeterminado2
- + Fallo de amplificación de la muestra3
- -
Control Negativo de
PCR
- - Resultado esperado
+ +
Contaminación de la PCR con ADN humano4 + -
- +
Tabla 5. Interpretación de los posibles resultados
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