Introduccin Problema: Tratamientos Antirretrovirales para el
VIH. Elevada tasa de mutacin del virus. Orden de aplicacin.
Problemtica de Resistencias Cruzadas. Combinacin de medicaciones.
Informacin particular de un paciente. Trabajo: sistema para la
ayuda a la toma de decisiones (ASO).
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Introduccin Ejemplo de resistencias cruzadas
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Antirretrovirales Multi Class CombinationsProtease
InhibitorsNNRTI EFV+TDF+FT C AtripiaAPVAmprenavirNVPNevirapine
D4T+3TC+NV P - FOS-APVFosamprenavi r EFVEfavirenz AZT+3TC+NV P -
ATVAtazanavirDLVDelavirdine NRTIDRVDarunavirCombined NRTIs
3TCLamivudineIDVIndinavirABC+3TCEpzicom ABCAbacavirLPV o
RTVlopanavirABC+AZT+3 TC Trizivir AZT o
ZDVZidovudineNFVNelfinavirAZT+3TCCombivir
d4TStavudineRTVRitonavirTDF+FTCTruvada
ddiDidanosineSQVSaquinavird4T+3TC- FTCEmtricitabineTPVTipranavir
TDFTenofovirFusion Inhibitors Integrase InhibitorsT20Enfuvirtide
RALraltegravirMVCMaraviroc
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Contenido 1. Anlisis del problema y la solucin. 2. Arquitectura
del sistema. 3. Conclusiones. 4. Trabajo Futuro.
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1 - Anlisis del Problema y Solucin Requerimientos del problema:
1. Construir un sistema para la generacin de terapias
antirretrovirales. 2. Debe ser una herramienta complementaria al
profesional. 3. Debe ser extensible de forma simple. 4. Debe ser
altamente parametrizable. 5. Establecer mejores terapias de acuerdo
a distintos criterios. 6. Permita actualizar la informacin de
antivirales. 7. Haga una evaluacin eficiente de todas las posibles
terapias. Concuerda con el Paradigma de Medicina
Personalizada.
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Planteo de la Solucin I Sistema altamente parametrizable.
Secuencia del virus. Criterio de evaluacin de terapias. Polticas de
generacin de Terapias. Poltica de combinacin de Antivirales. Base
de datos de Antivirales. Otros parmetros. Debe ser extensible de
forma simple. Plugin Permita actualizar la informacin de
antivirales. Base de Datos de Antivirales.
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Planteo de la Solucin II Tres tipos de usuarios: Usuario final
(aplicativo). Usuario desarrollador de extensiones (plugin).
Usuario desarrollador de sistema (framework).
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Sistema - ASO Libreras Externas Base de Datos Framework
Plugin
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2 - Arquitectura del Sistema I Framework Generador de Terapias
Selector de Antivirales GUI Programa Principal Administrador de
Plugins Ranker de Terapias Plugin Base de Datos 1 5 3 2 6 4
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Arquitectura del Sistema II Framework MILIbioPP QT Generador de
Terapias Selector de Antivirales GUI Programa Principal
Administrador de Plugins Ranker de Terapias Libplugin FXP Plugin
Base de Datos
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Arquitectura del Sistema III Componentes: o Base de Datos o
Framework o Programa principal. o GUI. o Administrador de Plugins.
o Generador de Terapias. o Motor Combinatorio. o Selector de
Antivirales o Ranker o Plugin o LibPlugin o Otras Libreras
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2.1 Base de Datos I Conceptos Estructura de los elementos
representada en XML. Actualmente tomado del Sociedad Internacional
del Sida (IAS) Ejemplo de un registro:
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2.1 Base de Datos II Agregar informacin (addendum)......
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2.4 Plugin I Permite: 1. Elegir poltica de generacin. 2.
Definir funcin de puntaje (scoring). 3. Definir funcin de
terminacin de una terapia (pruner). 4. Seleccionar cules
antirretrovirales utilizar de la BD. 5. Proveer la poltica para
combinar AVs. 6. Capacidad de definir los parmetros de entrada. 7.
Definir los valores de la matriz de distancias genticas. 8. Agregar
datos adicionales para fundamentar terapias.
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2.4 Plugin II Implementacin Libplugin (SDK) Polticas de
Generacin Primitivas Combinatorias Plugin Base Thesis Plugin
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Selector de Antivirales I Selecciona el conjunto de
antirretrovirales que aplican a una secuencia. Cmo lo hace? Toma la
secuencia del virus. Busca en la base de datos cuales son los que
aplican. Devuelve los que tienen distancia de mutacin mnima. Es
decir, los que con menos cambios escapan al efecto del
antiviral.
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2.2 Selector de Antivirales II Ejemplo de aplicacin.
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2.5 - Generador de Terapias Funcin Componentes Combinador
Generacin
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2.5 - Generador de Terapias Polticas de generacin Qu son? Tipos
provistos en SDK: DFS BFS BetterBeam(N)
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2.5 - Generador de Terapias Polticas combinatorias Qu son?
Primitivas Combinatorias provistas en SDK: Empty List Newtoneana
Sequence Parallel
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2.5 - Generador de Terapias SEQ SEQ Selector Comb M1M2M3 Fallo
Virolgico Funcin de Poda
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Interfaz de Usuario Pantalla Principal
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2.6 - Interfaz de Usuario Pantalla de Configuracin del
Plugin
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2.6 - Interfaz de Usuario Pantalla de Output
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3 - Conclusiones Podra mejorar calidad de vida, a partir de la
implementacin de terapias personalizadas. Provee una ayuda a un
problema complejo. Complemento a la hora de elaborar un
tratamiento. Sistema orientado a usuarios aplicativos e
investigadores. Sistema altamente extensible. Comprende gran
cantidad de parmetros. De poco costo computacional. Licencia GPL
v3.0.
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3 - Conclusiones Aportes Se contribuy a otros Proyectos. MiLi
BioPP FXP Divulgacin de la problemtica: presentaciones. Jornadas de
Virologa (SAV 2009) Grupo Procesamiento Lenguaje Natural
(2010)
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4 - Trabajo Futuro Construccin de plugins especficos en base a
pautas mdicas. Construccin de plugins utilizando metodologa
orientada a aspectos. Proveer manejo de probabilidades. Proveer
manejo de tiempos evolutivos. Incluir ms polticas de Generacin y
primitivas Combinatorias. Visualizacin de resultados. Paralelizar
Clculo. Optimizacin de Recursos. Mejora del sistema en Windows u
otros. Soporte de plugins en lenguaje Python.
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Preguntas?
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Ms informacin aso.googlecode.com www.fudepan.org.ar