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http://www.whyfloss.com/es/conference/madrid09
W h y F L O S S C o n f e r e n c e 7 ª e d i c i ó nM a d r i d M a y o 2 0 0 9
Organiza
http://www.neurowork.net
21 de Mayo de 2009Madrid
EpiLinuxEpiLinuxUn entorno de trabajo para bioestadísticos
WhyFLOSS Conference 2009
Miguel Ángel Rodríguez Muíñ[email protected]
Equipo de Trabajo
Xunta de GaliciaConsellería de Sanidade
Dirección Xeral de Saúde PúblicaServicio de Epidemioloxía
Grupo Multidisciplinar de Investigación enEstadística, Computación,
Medicina y Biología
Universidad de Santiago de CompostelaDepartamento de Estadística e IO
Unidad de Bioestadística
Conceptos
- Epidemiología✔ Disciplina científica✔ Estudia relación causa-efecto entre exposición y enfermedad✔ Determina políticas de Salud Pública✔ Medicina Preventiva
- Salud Pública✔ Conjunto de actuaciones mejora salud de la población✔ Protección✔ Promoción✔ Prevención
- Bioestadística✔ Aplicación de la estadística a la biomedicina✔ Estudios de Salud
Estudios Bioestadísticos y de Salud
- Necesidad de herramientas informáticas
- Software relativamente escaso, restrictivo y elevado coste de licencias
- empresa (spss, sas, stata, …)- particular (pirateo… gratis, ilegal)
- Curva de aprendizaje- Estamos “viciando” el sistema
- imponemos tendencias
Opciones?
- Buscar alternativas de Software Libre
- Ventajas? - Entorno homogéneo- Gratuito- Abierto
- Inconvenientes?- Encontrar el software especializado- Instalación (principalmente GUI’s y dependencias).
- PSPP, R, Epigrass, Octave, …
Ejemplo: El caso de R
- Proyecto de Software Libre
- Software de referencia en el campo de la bioestadística, sobre todo en entornos universitarios y de investigación.
- Seria alternativa a los programas comerciales más extendidos (SPSS 17 soporta parcialmente R)
- Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, Solaris, .....)
- Modular y colaborativo (+1785 packages oficiales hoy en CRAN)
- Posibilidad de varios entornos gráficos
Página del Proyecto: http://www.r-project.org/
Ejemplo: El caso de PSPP
- Diseñado como una alternativa a SPSS (trabaja de forma nativa con formatos y rutinas de SPSS)
- Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, FreeBSD, .....)
- Junto con R y Octave, software de referencia
- Potencia (admite mil millones de variables y mil millones de casos)
- Todavía está “verde” en cuanto a la funcionalidades, pero se pueden realizar estudios estadísticos descriptivos, Regresión lineal y no paramétrica, …
Página del Proyecto: http://www.gnu.org/software/pspp/
Referencia en Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/PSPP
PSPP (II)
- PSPPIRE: Entorno Gráfico de Usuario (GUI)
- Es necesario instalar PSPPIRE manualmente:
- Instalación previa (como superusuario) de las dependencias (paquetes adicionales necesarios):
- $sudo apt-get install autoconf automake1.9 gnulib gettext gettext-base texinfo smake build-essential pkg-config subversion subversion-helper-scripts subversion-tools libgsl0 libgsl0-dbg libgsl0-dev libperl5.8 perl perl-base perl-modules libncurses5 libncurses5-dbg libncurses5-dev libreadline5 libreadline5-dbg libreadline5-dev libplot2c2 libplot-dev libplotutils libgtk2.0-dev libgtk+2.0-directfb-dev libglade2-dev cvs libcvsservice0 gcvs
- Descarga del programa (desde cvs):- $ cvs -z3 -d:pserver:[email protected]:/sources/pspp co pspp
$ cvs -z3 -d:pserver:[email protected]:/sources/gnulib co gnulib
- Instalación del programa:- $cd pspp
$make -f Smake$./configure$make$sudo make install
Otros Ejemplos:
- EpiGrass: Problemas con las librerías matlibplot, gdal y MySQldb
- Quantum GIS: Instalación de GRASS
- Octave: Diversos entornos gráficos. Cuál elegir y porqué?
Qué es EpiLinux?
EpiLinux pretende aportar un sistema completo y autónomo, de sencillo
manejo y de utilidad para todas aquellas personas, tanto profesionales como
estudiantes, que desarrollen sus actividades en los campos de la
epidemiología, la bioestadística y los estudios de salud, en general.
Para ello, se ha recopilado en una misma distribución y con un entorno
homogéneo el software necesario para realizar estudios completos de salud,
bioestadísticos y/o epidemiológicos eliminando, además, la necesidad de
localizar e instalar cada uno de estos paquetes.
Características Técnicas
- Distribución completa de Linux. - Basado en Ubuntu GNU/Linux- Entorno de escritorio KDE 3- Software Genérico:
• Herramientas ofimáticas (OpenOffice)• Software de Internet (Firefox, ….)
• Software específico• R (http://www.r-project.org/) con el GUI Rkward (http://rkward.sourceforge.net/)• PSPP con GUI PSPPIRE• Octave• Quantum GIS• Epigrass
• Emulador WINE (http://www.winehq.org/)• OpenBUGS / WinBUGS• OpenStat4
• Actualización Automática
Porqué así?
- Primera “versión”:- Ligera y pensada para ejecutar en equipos antiguos
- Pros: - Funcionamiento en equipos viejos- Facilidad de descarga (tiempo)
- Contras:- No ofrecía un sistema completo- Entorno gráfico “pobre”- Conflictos dependecias
Cómo Funciona?
- Live DVD
- Posibilidad de instalarlo en disco
- Máquina virtual para VirtualBox
Cómo consigo EpiLinux?
Descarga Web DXSP
- http://www.galiciasaude.es/dxsp
- http://dxsp.sergas.es
EpiLinux en la Web de la DXSP (http://www.galiciasaude.es/dxsp)
Blog de EpiLinux (http://epilinux.blogspot.com)
EpiLinux en la Web de PSPP
Material Prácticas Facultad Medicina (U. Sevilla)
Y ahora qué? (futuro)
- Ampliar el software a incluir Epidat 4 (nueva versión, pendiente de finalización) Nueva versión de EpiInfo para Linux NetEpi Incluir paquetes de R
✔ Epicalc✔ Epitools✔ …
Estudiar inclusión de software de producción propia del Grupo de Investigación
Considerar la actualización de versión de KDE 3 a KDE 4 o la migración a otro GUI
Conclusión:
EpiLinux ofrece la posibilidad de disponer, en un entorno
homogéneo y de libre distribución, de las herramientas
necesarias para la realización de estudios de salud,
epidemiológicos y/o bioestadísticos, sin necesidad de
enfrentarse con las rutinas de instalación y actualización.
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