Tema 1,Concepto biolxico de especie: Unha especie un grupo de poboacins naturais que se cruzan real ou potencialmente entre si pero estn reprodutivamente illados do resto.O BSC non funcional para os organismos procariotas xa que, como teen reproducin asexual cada individuo podera ser considerado unha especie propia.Dado que o BSC non vlido para os microorganismos emprgase o concepto filoxentico polo que a especie un grupo monofiltico de organismos cunha xenmica e xenotpica suficiente que permite illalos dos seus semellantes.Tamn se pode definir como unha coleccin de cepas que presentan un alto grao de similitude nunha serie de rasgos independentes.Unha cepa bacteriana unha poboacin de clulas xenticamente idnticas procedentes dunha clula orixinal. facer un cultivo cada colonia unha cepa potencial.Cos casos de E. coli en Alemaa falouse da cepa O:104 H:4 pero isto non unha cepa, un serotipo. Cada vez que unha das clulas de E. coli se aislaba no laboratorio era unha cepa en potencia. O serotipo do clera de Hait eran ou O:1 ou O:39 pero as cepas poden ser diferentes.

Taxonoma fenotpica: Agrupa s organismos en base semellanza en caractersticas fenotpicas. Estas semellanzas son carcteres clsicos (morfoloxa, flaxelacin, nutricin, crecemento) ou marcadores quimiotaxonmicos (tipos de cidos graxos da membrana). Este tipo de taxonoma clasifica as especies en base a caractersticas observables, non depende da existencia dun antecesor comn e non diferencia procesos de converxencia evolutiva.Taxonoma filoxentica: Basanse no uso de secuencia do ARNr 16S (cronmetro evolutivo) ( un dos xenes da subunidade pequena do ribosoma (16S en procariota e 18S en eucariota)). Determina relacins de parentesco evolutivo entre as especies. Das cepas con identidade no xene do ARNr 16S > 97% considranse da mesma especie.O xene que codifica o 16S ten unha zona moi conservada (o principio, final e polo medio) o que permite conseguir primers para o principio e o final, faise PCR, secuenciase e da unha secuencia de mis ou menos 1500 pb. Comprase a secuencia obtida coas xa existentes nunha base de datos e se coincide 97% ou mis considrase parte doutra especie. Taxonoma polifsica: Se se consigue unha especie que parece nova por ter mis do 97% consguese a bacteria mis prxima xenticamente a ela e fanse probas clsicas sobre crecemento e nutricin comparando as as das cepas e considerando se final son das especies diferentes ou non.Grazas a Carl Woese e s sas anlises de ARNr 16S existe a clasificacin dos organismos nos dominios de Archea, Bacteria e Eukarya. A meirande parte dos grupos bacterianos estn constitudos por especies relacionadas filoxeneticamente pero que carecen de homoxeneidade fenotpica. As proteobacterias constiten un bo exemplo disto xa que neste grupo podemos atopar practicamente todos os tipos coecidos en fisioloxa procariota.Non todos os grupos de procariotas son cultivables. SAR11 un grupo de bacterias marias non cultivables pero que representan o grupo de organismos mis abundantes do ocano(Pelagibacterales). Os organismos nunca cultivados no laboratorio denomnanse Candidatus.Metaxenmica: Estudo de material xentico recuperado directamente do ambiente. Permite obter informacin xentica de microorganismos non cultivables en laboratorio.