Software para la BioDiversidad
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PRESENTACIÓN LIBRO DE MARCA OET 2009
Software para la BiodiversidadPablo Aviles
Desarrollo de Software y Bases de Datos para la BiodiversidadManejo de Información
¿Qué se quería?
Objetivos
• Fortalecer la investigación en los trópicos, y hacer accesible al público, estudiantes y científicos el producto de ese trabajo, y utilizando las tecnologías actuales
• Permitir la estandarización en los procesos de recolección y almacenamiento de datos, y muestras
• Servir como vitrina de los proyectos realizados en las estaciones biológicas a la comunidad científica y público
• Fortalecer el espacio de diálogo y retroalimentación entre la comunidad científica, estudiantes y público en materia de los proyectos relacionados con el software para la BioDiversidad
Beneficios
• Datos en línea desde que se agregan al sistema
• Mantenimiento de datos por científicos de la OET (‘core’ de datos actualizado)
• Estandarización de procesos de recolección y registro
• Vitrina virtual para los proyectos de las estaciones biológicas involucrados en el sistema
• Se facilita el entorno de interacción con los proyectos
• Validación y actualización de datos por especialistas
• Las aplicaciones, bases de datos y lógica permiten ser actualizadas y mejoradas
Requerimientos
• Diseño de bases de datos usando DwC (Darwin core)
• Un único repositorio de información
• Software web accesible desde cualquier parte
• Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados
• Galería de imágenes de las muestras
• Vistas de datos diferentes para usuario autenticado y para usuario invitado
Requerimientos
• Diseño de bases de datos usando DwC (Darwin core)
• Un único repositorio de información
• Software web accesible desde cualquier parte
• Mantenimiento de datos por usuarios científicos autenticados
• Galería de imágenes de las muestras
• Vistas de datos diferentes para usuario autenticado y para usuario invitado
Estándar informático de datos para la Biodiversidad, diseñado para facilitar el intercambio de información (definiciones de referencia, ejemplos y comentarios). Se basa, principalmente en taxones, incidencia en la naturaleza documentada por la observación, especímenes y muestras.
Requerimientos (cont.)
• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
• Geolocalización de las muestras y/o colecciones
• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
• Aseguramiento de la calidad de los datos
Requerimientos (cont.)
• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
• Geolocalización de las muestras y/o colecciones
• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
• Aseguramiento de la calidad de los datos
Really Simple Syndication 2.0. Familia de formatos de difusión de datos web codificados en XML. Se utiliza para suministrar información a suscriptores, que se actualiza
frecuentemente. El formato permite distribuir contenido sin necesidad de un navegador, utilizando un software
diseñado para leer estos contenidos RSS (agregador)
Requerimientos (cont.)
• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
• Geolocalización de las muestras y/o colecciones
• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
• Aseguramiento de la calidad de los datos
Resource Description Framework. Framework para metadatos en la web, desarrollado por la W3C. Basado en la idea de convertir declaraciones de
recursos en expresiones con la forma sujeto-predicado-objeto (tripletes). El sujeto es el recurso (lo que se está describiendo). El predicado es la
propiedad o relación a establecer sobre el recurso. El objeto es el valor de la propiedad o el recurso con el que se establece la relación. La combinación de RDF con RDF Schema y OWL permite añadir significado a las páginas.
Requerimientos (cont.)
• Grupos o perfiles de usuarios con autenticación
• Geolocalización de las muestras y/o colecciones
• Búsqueda de colecciones por diferentes campos de las tablas
• Posibilidad de compartir datos mediante diferentes vías (RSS, RDF/OWL (web semántica), etc.)
• Aseguramiento de la calidad de los datosOntology Web Language. Lenguaje de representación de
conocimiento para ontologías (términos utilizados para describir y representar un área de conocimiento, para compartir un dominio de información y hacer que el
conocimiento sea reutilizable). OWL está codificado en XML
¿Cómo se Solucionó?
Plataforma
HTML
CSS + jQuery + javaScript
XML
Apache 2.2.13 + PHP 5.2.9
Oracle 10gR2
Sun Solaris 10
• Bases de datos Oracle 10gR2
• Servidores Sun Solaris 10
• Servidor web Apache 2.2.13
• Tecnologías implicadas
• PHP 5.2.9
• AJAX / jQuery / Javascript
• CSS
• XML
• Oracle 10gR2
Manejo de Datos
• Un core de datos compartido y actualizado
• Vistas de datos y reglas de negocios separadas para cada aplicación del sistema
Presentación de datos
Vistas
Vistas materializadas
Reglas de negocio
Procedimientos
Triggers
Core de Datos
Tablas Tablas dimensionadas Indices
Seguridad
• Autenticación base de datos
• Autenticación al sistema para poder hacer cambios
Seguridad (cont.)
• Diferentes perfiles de usuarios (administrador, colector, sistema, consulta)
Seguridad (cont.)
• Validación del ingreso de información para evitar inyección de código en los formularios (PHP)
• CAPTCHA para evitar ataque de BOTs (pendiente)
Búsquedas
• Búsqueda de colecciones de datos simple (un término se busca en cualquier campo)
Búsquedas (cont.)
• Búsqueda de colecciones detallada (se busca un término diferente en cada campo que se desee)
Búsquedas (cont.)
• Búsqueda a través de navegación por árbol taxonómico
Interfaz
• Vistas de colecciones en forma de listas de datos (usuario autenticado y usuario invitado)
Interfaz (cont.)
• Vistas de colecciones en forma de galerías de imágenes (usuario autenticado y usuario invitado)
Galería de Imágenes
• Filtros por búsquedas
• Navegación a través de galería
• Soporte para visualizar diferentes tamaños en las imágenes cargadas (zoom)
• Carga de imágenes y transformación automática a diferentes tamaños
• Carga, y borrado de imágenes cargadas a la galería.
• Capacidad de seleccionar cualquier imagen de la galería como imagen principal de la colección (thumbnail)
Galería de Imágenes
Edición de Datos
• Taxonomía
• Datos de científicos
• Características de los datos en las colecciones
Edición de Colecciones
• Elementos de identificación del registro o colección
• Eventos de la colecta de datos
• Taxonomía
Edición de Colecciones
• Elementos de localización y geoespaciales
Edición de Colecciones
• Elementos biológicos y de entorno
• Carga de imágenes de colecciones
Módulos Actuales
• Herbarium Las Cruces http://www.ots.ac.cr/herbarium
• Jardín Botánico Wilson http://www.ots.ac.cr/jbw
• Florula Palo Verde http://www.ots.ac.cr/florulapv
Sistemas Relacionados
• Meteorología http://www.ots.ac.cr/meteoro
• Gps http://www.ots.ac.cr/gps
Referencias
• Darwin Core http://rs.tdwg.org/dwc/index.htm
• RSS http://www.rssboard.org/rss-specification http://cyber.law.harvard.edu/rss/rss.html
• Web Semántica http://www.w3c.es/Divulgacion/Guiasbreves/WebSemantica
• RDF http://www.w3.org/RDF/
• OWL http://www.w3.org/TR/owl2-overview/
PRESENTACIÓN LIBRO DE MARCA OET 2009
Pablo AvilesDesarrollo de Software y Bases de Datos para la Biodiversidad
Área de Manejo de Informació[email protected]
www.ots.ac.cr