PATOLOGÍA COMPUTACIONAL DERMATOPATOLOGíA · 2018-10-18 · molecular informe flujo de trabajo con...
Transcript of PATOLOGÍA COMPUTACIONAL DERMATOPATOLOGíA · 2018-10-18 · molecular informe flujo de trabajo con...
PATOLOGÍA COMPUTACIONAL
DERMATOPATOLOGÍA
VISTA POR UN PATÓLOGO
Jose Aneiros-Fernandez Unidad de Patología Digital y Patología Computacional
de Anatomía Patológica Hospital Universitario San Cecilio, Granada
@janeirosf
UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100%
Unidad Intercentros
Multiservidor
Granada
Baza
Motril @UPIGAP
UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100%
Unidad Intercentros
Multiservidor
2,5 años de experiencia
UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100%
Unidad Intercentros
Multiservidor
2,5 años de experiencia
> 500.000 portaobjetos digitalizados y archivados
UNIDAD ANATOMÍA PATÓLOGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100%
Unidad Intercentros
Multiservidor
2,5 años de experiencia
> 500.000 portaobjetos digitalizados y archivados
Calidad de la imagen (0,24
um/pixel)
UNIDAD ANATOMÍA PATOLÓGICA INTERCENTROS DE GRANADA DIGITAL 100%
Unidad Intercentros
Multiservidor
2,5 años de experiencia
> 500.000 portaobjetos digitalizados y archivados
Calidad de la imagen (0,24
um/pixel)
IFD
FISH
Patólogos
Archivo
Trazabilidad Visualizador
Escáner
Factor de escaneado
Tiempo de escaneado
Técnico
Algoritmos
• QUE ES LO IMPORTANTE PARA LA PATOLOGÍA DIGITAL?
?
Patólogos
Archivo
Trazabilidad Visualizador
Escáner
Factor de escaneado
Tiempo de escaneado
Técnico
Algoritmos
• QUE ES LO IMPORTANTE PARA LA PATOLOGÍA DIGITAL?
TRAZABILIDAD
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO SIN
PATOLOGÍA DIGITAL
LIS
TALLADO
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON
PATOLOGÍA DIGITAL
LIS
TALLADO
- Docencia - Casos consulta - Deslocalización de patólogos - Intraoperatorias - Subspecialización
TRAZABILIDAD DEL PROCESO ANALÍTICO (VISUALIZACIÓN)
¿SE INCREMENTA LA EFICIENCIA?
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial
de la Facultad de Ingeniería Informática, UGR
DEEP LEARNING
ImageNet Large Scale Visual Recognition Challenge
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
ALGORITMO CUANTIFICACIÓN
ALGORITMO DIAGNÓSTICO
ALGORITMO DETECCIÓN DE
PATRONES
QUEREMOS 100% COMPUTACIONAL
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
ALGORITMO DIAGNÓSTICO
VALIDACIÓN CARCINOMA BASOCELULAR
• 256 casos de carcinoma basocelulares (CB) de tres laboratorios diferentes.
• 102 casos de CB nodular
• 44 casos micronodulares
• 50 casos de basocelules superficiales
• 60 casos de basocelulares infiltrantes/esclerodermiformes
• Formato BigTIF
• Resolución (tamaño de pixel): 0,24 um/pixel x40
• Tamaño: 6 gigapixel (120000 x 50000).
ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR
• Proceso de anotación
ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR
• Proceso de anotación
• Proceso de anotación
• Proceso de anotación manual de cada caso
• Etiquetado: Tumor y No Tumor
• Extracción de parches (64 x 64pixel) mediante rejilla y solapamiento
• Transformaciones para el aumento de muestra
• Balanceo de clases y estandarización por canales
ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR
• Red neuronal convolucional
• Entrada: Parche
• Salida: clasificación del parche
• Arquitectura no compleja
ALGORITMO DIAGNÓSTICO DE CARCINOMA BASOCELULAR
RESULTADOS
PATRÓN MORFOLÓGICO
ESPESOR TUMORAL
ÁREA TUMORAL
DISTANCIA AL MARGEN
- Células tumorales
- Área nuclear
- Perímetro nuclear
- Ratio núcleo/citoplasma
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
ALGORITMO DIAGNÓSTICO
VALIDACIÓN CARCINOMA BASOCELULAR
GPU
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
ALGORITMO DIAGNÓSTICO
ALGORITMO DETECCIÓN DE
PATRONES
VALIDACIÓN CARCINOMA BASOCELULAR
GPU
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
ALGORITMO CUANTIFICACIÓN
ALGORITMO DIAGNÓSTICO
ALGORITMO DETECCIÓN DE
PATRONES
VALIDACIÓN CARCINOMA BASOCELULAR
GPU
• ALGORITMO DE MITOSIS FOSFOHISTONA 3 / HEMATOXINA MELANOMA
HE FOSFOHISTONA (PHH3)
CLASIFICACIÓN Y REGISTRADO PHH3 & HE MELANOMA
PETICIÓN ELECTRONICA
REGISTRO
LABORATORIO GENERAL
LABORATORIO IHQ
BIOLOGÍA MOLECULAR
INFORME
FLUJO DE TRABAJO CON PATOLOGÍA
DIGITAL & COMPUTACIONAL
LIS
TALLADO
ALGORITMO CUANTIFICACIÓN
ALGORITMO DIAGNÓSTICO
ALGORITMO DETECCIÓN DE
PATRONES
VALIDACIÓN CARCINOMA BASOCELULAR
GPU
No importa cuantas vueltas demos con la inmunohistoquímica, biología molecular, genética…, al final la patología computacional hará que regresemos a la morfología de la célula.
CURSO LARGO DE PATOLOGÍA COMPUTACIONAL #SEAP2019G
GRACIAS !!!!
#DPCadiz2018