mira lo q tienes q crear es un archivo xxx.cmd y dentro poner este

codigo 

attrib -s -h *.* 

dir /ad /b> a.txt 

FOR /F "delims==" %%i in (a.txt) do ( attrib -s -h "%%i" ) 

del a.txt 

pause 

de alli lo activas y 'ps todos tus archivos ocultos apareceran 

http://es.kioskea.net/faq/9620-ver-archivos-ocultos-en-usb 

Espero tu respuesta XD