Los cambios sociales propiciados por la era del guano son:

Por un lado, la formación de una nueva elite. Esta se formó después que el estado, aprovechando el apogeo del guano, decidiera pagar la deuda interna y permitiera el reclamo - con medios probatorios - de las deudas contraídas en la campaña de independencia. Esto hizo que un cierto grupo parasitario se aprovechara de estos beneficios y en una red de corrupción se aceptaran muchas consolidaciones, llegando a elevar enormemente la deuda estatal.

Por otro lado, el aumento del gasto burocrático y militar, el cual se expandió por la adhesión de más personal en estos estamentos del estado. Gran parte de este dinero salió de las ganancias del apogeo del guano. Entre las diversas teorías este cambio fue estratégico para poder mantener la calma en una joven republica que había pasado periodos de inestabilidad pronunciada.