LIBRERÍAS CIENTÍFICAS Jorge Luengo García

Alberto González Vicente

LIBRERÍA…¿CIENTÍFICA?

• Conjunto de implementaciones funcionales

• Codificadas en un lenguaje

• Con una buena interfaz

• RENDIMIENTO

LIBRERÍAS CIENTÍFICAS

Simulaciones de Montecarlo

FFT

Particionado de grafos

Algoritmos genéticos

Algoritmos numéricos

Industria de automoción, naval y aeroespacial

Ingeniería estructural

Energía

Mecánica de fluidos

Simulación Multifísica

Predicciones climatológicas

LIBRERÍAS DE USO PARALELO

• Portabilidad

• Velocidad

• Estándar

• Amplia funcionalidad

• Gran número de

implementaciones libres

OPEN MPI

• LIBRE

• Multiplataforma

• Redes heterogéneas

LIBRERÍAS MATEMÁTICAS

• Mejoran el tiempo de solución para

problemas como:

• Generación de números aleatorios

• Transformadas de Fourier

• Funciones vectoriales

• Funciones estadísticas

• Gran cantidad de librerías, muchas gratuitas

FFTW 3.3.3

• Subrutina en C

• Cálculo de transformadas

discretas de Fourier

• Gratuita

• Portable

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1000

2000

3000

4000

5000

6000

7000

8000

9000Complex, 1D(64)

Real-data,1D(64)

Complex, 2D(64x64)

Real-data,2D(64x64)

Complex,3D(64x64x64)

Real-data,3D(64x64x64)

FFT Double-Precision Speed(Mflops)

FFTW3 FFTW2 IntelMKL jmfftc

LIBRERÍAS SIMULACIÓN Y VISUALIZACIÓN

• Depende del CAMPO CIENTÍFICO

• Tareas muy específicas

HDF5

• Uso intenso de datos

• Almacenamiento

• Entrada y Salida

• Librería + Formato de fichero

Librerías similares: NetCDF, HDF4, PDB…

0

5

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15

20

25

Creating&Writing Datasets Reading Dataset from theFiles

900 datasets in the file- IRIX (sec)

HDF5 NetCDF HDF4 FITSIO

CUADRO RESUMEN LIBRERÍAS CESGA, CSN Y CEVISMA

HP MPI

INTEL MPI Library

MPICH2

MVAPICH2

Plattform MPI

Open MPI

ACML

BOOST

FFTW

MKL

NUMPS

NUMPy

OCTAVE

OCTCDF

PETSc

QHULL

ScaLAPACK

LAPACK

SciPy

SuiteSparse

CBLAS

GSL

FTGLFtgl

GMT

HDF5

NetCDF

PgPlot

METIS

ParMETIS

SCOTCH

¿¿PREGUNTAS?? Librerías Científicas