La Unidad de Bioinformática del INTA
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La Unidad de Bioinformática del INTA:Nuestra experiencia en la formación de recursos humanos
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Genómica del girasol
• Los estudios genómicos llevados a cabo son limitados para estecultivo considerando su importancia económica, siendo uno del d t i t d t f t l t ñ dlos determinantes de este efecto el tamaño de su genoma y sucomplejidad taxonómica.
INRA de Toulousse (Francia) (Proyecto Cartisol: 1990 1997)INRA de Toulousse (Francia) (Proyecto Cartisol: 1990-1997).Universidad de Oregon (USA).Universidad de Davis (USA:http://compositdb.ucdavis.edu/).IB-INTA Castelar comienza su primer proyecto de desarrolloIB INTA Castelar comienza su primer proyecto de desarrollode microsatélites para girasol en el año 1996 (iniciativaINTA/Consorcio de Empresas), continuando con un análisisgenómico del girasol en pequeña escala basado en
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g g p qsecuenciación de ESTs.
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Demanda de procesos bioinformáticos
Proyecto genómico secuenciación ESTs en girasol
Colaboración FIUBA
(Dr. Sergio Lew)(Dr. Sergio Lew)
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Preguntas Biológicas
Un primer enfoque agrobioinformático
Preguntas Biológicas– ¿Qué genes?– ¿En qué órgano?– ¿En qué proporción?
Herramientas:e a e tasSecuenciación de ESTAlineamientos / filtrado /etc.
Participantes:FIUBA: expertise informáticoINTA: conocimiento biológicoINTA: conocimiento biológico
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Colecciones diferenciales de EST’s
Análisis informático de secuencias moleculares
Rutina “trimming” Biopipeline Base de datos
EST Almacenam.Clasific.
Análisis deredundancia
Limpieza devector
Rutina trimming(Fernandez y col. 2003)
Biopipeline(Lew y col 2004)
Base de datos(Fernandez y col. 2003)
AnotaciónFuncionalidadhipotética
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BLAST(Altschul y col. 1990)
Goblet(Henning y col. 2003)
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Instalación y puesta en funcionamiento del servidor INTA01
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Diseño, creación y mantenimiento de una b d d tbase de datos
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Diseño, creación y mantenimiento de una b d d tbase de datos
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CREACIÓN DE UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA
IB INTA CASTELARIB INTA CASTELAR
PPR245001: Bioinformática aplicada a proyectos deinterés agropecuario
AEBIO245711: Análisis bioinformático, estadístico y
interés agropecuario.
O 5 á s s b o o át co, estad st co yevolutivo de datos biológicos provenientes deproyectos genómicos de interés agropecuario.
AEBIO245732: Minería de datos biológicos, gestiónde la información y los conocimientos derivados dede la información y los conocimientos derivados deproyectos genómicos de interés agropecuario..
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INCORPORACIÓN Y FORMACIÓN DE RRHH
Convenio marco FIUBA: régimen de pasantíasConvenio marco FIUBA: régimen de pasantías
¿biólogos haciendo informática?¿biólogos haciendo informática?
¿informáticos haciendo biología?
El objetivo primordial es responder las preguntas biológicas a partir de la aplicación de tecnología
i f átiinformática
INTERDISCIPLINA
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F ió d RRHHFormación de RRHH
Año 2007Curso Modelos lineales (EEA INTA Balcarce)
Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay)
C G ó (C )Curso Herramientas Aplicadas a la Genómica Funcional (CIPF; Valencia, España)Año 2008
Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay)
Curso uso de Infostat® aplicado al análisis de microarreglos (UNCor)Año 2009
Taller Análisis de Microarreglos y uso de Infostat® (UNCor)Taller Análisis de Microarreglos y uso de Infostat® (UNCor)Año 2010
Curso Filogenias Moleculares (FCEyN – UBA)
Curso Filogenia Molecular (Fund Miguel Lillo)Curso Filogenia Molecular (Fund. Miguel Lillo)
Taller Mapeo por Asociación (INTA)
Lic. en Bioinformática (UNER)
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C CABBIO (2002 2010)Cursos CABBIO (2002 y 2010)Genómica y Bioinformática
Maestría en Biotecnología UBA - Fac. de Veterinaria (4 ediciones)
Genómica Aplicada (3 ediciones)(Materia de Grado – FCEyN)
Postgrado Otras áreas
Año 2011Entrenamiento en Bioinformática INIA PerúEntrenamiento en Bioinformática INIA Perú
Curso Bioinformática Proyecto Biotec Soja Sur
Bioinformática UADEBioinformática UADE
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G INTA C t l IB
Participantes y colaboradores
UNCor:Grupo INTA Castelar IB
• Paula Fernandez• Norma Paniego
R th H i
UNCor:
• Julio Di Rienzo
• Ruth Heinz• Esteban Hopp
FI-UBAUnidad de Bioinformática INTA:• Darío Príncipi• Sergio Gonzalez• Sergio Lew
FAUBA
• Sergio Gonzalez• Bernardo Clavijo• Máximo Rivarola
• Marcelo Soria
CIPF (Valencia, España)
• David Blesa (Unidad de Genómica)
CIFASIS (CONICET, Rosario)
Eli b th T iDavid Blesa (Unidad de Genómica)• Francisco García (U. de Bioinformática)• Ana Conesa (U. de Bioinformática)• Joaquín Dopazo (U. de Bioinformática)
Fuentes de financiación:
• Elizabeth Tapia• Laura Angelone• Claudia Reynares• Alfonso Pons
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Fuentes de financiación: PICT 0960
PIP CONICET 5788 AECID D/016099/0
AEBIO 245732/245711