Equipos de Cálculo LinuxVixionbasados en GPU

 Sistemas de Modelización Molecular

Certificados para AmberMolecular Dynamics

Madrid,   2016www.linuxvixion.com

1. Presentación

LinuxVixion, S.L,  compañía española fundada en el año 2002,  es unaempresa   especializada   en   el   suministro   de   Equipos   y   Serviciosinformáticos   de  diseño   especial,   basados   en  Linux  y   orientados   alcálculo científico  y la toma de datos en procesos de medida. En esesentido ha suministrado múltiples equipos a Centros  de  Investigacióntan importantes como CIB (CSIC), IFF (CSIC), IQO (CSIC), IMAT (CSIC)CEDEX (Ministerio de Fomento), Autoridad Portuaria de Bilbao, Facultadde Farmacia del CEU, UAM, Universidad de Salamanca, Universidad deHolanda, Universida de Zaragoza, etc.

2. Sistemas de Modelización Molecular (HPC)

Los   Sistemas  HPC  (High   Performance   Computing)   que   suministramospara Modelización Molecular, han sido recibidos por nuestros clientescon   gran   satisfacción   ya   que   instalamos   y   configuramos   tanto   elhardware   como   el   software,   de   acuerdo   con   los   requisitos   deoperación del cliente y las licencias existentes. 

Los paquetes típicos son

AMBER

Maestro (Schrödinger)

MGLTools

Autodock

Autodock Vina

CCPN Analysis

CARA

VMD

DSViusalizer

PHENIX

Página 2 de 5

Equipos de Cálculo Científico. Workstations basadas en GPU y Certificadas para Amber

En el área de la Cristalografía de Macromoléculas instalamos tambiéntodo   el   Software   para   el   análisis   y   procesamiento   de   datos   dedifracción de rayos­X, siendo PHENIX el programa principal.

3. Sistemas CUDA Garantizados para AMBER

AMBER  es  sin duda el  software de Dinámica Molecular más  utilizadoactualmente.   En   colaboración   con   los   desarrolladores   de  AMBER,LinuxVixion, S.L. es la  única empresa española que suministra SISTEMASGARANTIZADOS  de cálculo de dinámicas moleculares basados en  lautilización de GPU's. Esto significa que realizamos los test exclusivos delsoftware que nos garantizan el funcionamiento óptimo de las tarjetasgráficas para ser usadas como verdaderos Centros de Cálculo.

AMBER  es  la aplicación clave en dinámica molecular. Se utiliza parasimular biocatálisis e interacciones entre los candidatos a fármaco y losreceptores de proteínas. Una característica ejemplar de  AMBER  es  lacapacidad  de  usar  GPU’s  NVIDIA   para  acelerar las simulaciones de

Página 3 de 5

Equipos de Cálculo Científico. Workstations basadas en GPU y Certificadas para Amber

moléculas   complejas.   Ésto   mejora   notablemente   la   eficiencia   demuestreo   y   una   mayor   exactitud   en   la   investigación   de   nuevosproyectos. 

El principal interés en el desarrollo de AMBER_GPU es llevar la potenciade   un   superordenador   a   los   ordenadores   más   convencionales   (decoste   muy   inferior),   gracias   al   avance   y   bajo   coste   de   las   tarjetasgráficas de altas prestaciones, dedicadas en su concepto original a laindustria del juego. 

LinuxVixion,  S.L.  en contacto  con el  equipo de desarrollo  de  AMBERproporciona una serie de soluciones mediante la utilización de tarjetasGPU’s con una óptima relación calidad/precio capaz de competir conlos clusters y superordenadores actuales. 

Estas soluciones hacen que los científicos e investigadores se centrenen su trabajo de diseño en lugar de preocuparse por la configuraciónhardware­software de su Workstation.

4. Sistemas Llave en mano.

Todos los Equipos de Cálculo se suministras listos y configurados para serusados de forma inmediata. Realizamos las tareas de configuración deusuarios,   Conexión   a   la   Red   del   Centro   donde   son   instalados   eincluimos   dentro   de   nuestro   suministro   los   sistemas   de   copia   deseguridad para recuperación de datos en caso de pérdida accidentalde los mismos.

Configuración de usuarios.

Configuración de Red, hostname, DNS's, etc....

Configuración de servicios.

Transferencia de Datos

Instalación de Máquinas Virtuales

Configuración de Accesos Remotos.

Copias de Seguridad

Página 4 de 5

Equipos de Cálculo Científico. Workstations basadas en GPU y Certificadas para Amber

5. HOMOLOGACIÓN de SISTEMAS. ISO 9001

Los equipos de cálculo distribuidos por LinuxVixion, S.L. son Workstationsde   Cálculo   Científico  y  Servidores  ensamblados   con   componenteshomologados de las primeras marcas del sector informático: Intel, AMD,Gigabyte,  Kingston,  Seagate,  ASUS,  Tyan,  Supermicro,  Cooler  Master,Corsair, etc. 

En la actualidad, el ensamblaje de  Workstations se realiza bajo NormaISO 9001, y el Certificado IQNET

Página 5 de 5

Equipos de Cálculo Científico. Workstations basadas en GPU y Certificadas para Amber