As como ahora puede considerarse como un templo de libros, la funcin primigenia de esta biblioteca fue de iglesia. En 1591 se construy como parte del colegio de Santo Toms, de orden jesuita, del cual slo queda lo que fue el templo. En 1665 se aadi la capilla de Loreto, y hasta 1827 el arquitecto Jos Gutirrez aadi el prtico neoclsico que vemos hoy da. Sufri un terremoto en 1875 por el que se le reforzaron las columnas a la fachada, fue saqueada cuando fungi como cuartel revolucionario en 1914, y fue oficina de telgrafos de 1948 a 1985, ao en que se entreg a la UdeG y de donde surgi el proyecto de convertirlo en biblioteca.Fray Antonio Alcalde, clebre por su labor humanitaria, fue el principal promotor para que se autorizara la creacin de una universidad en la Nueva Galicia. Resultado de sus gestiones fue la cdula real que autoriz la creacin de la Real y Literaria Universidad de Guadalajara, en 1791. En 1793, el ex templo de Santo Toms se convierte en sede de la Universidad.

En 1827, Prisciliano Snchez, primer gobernador constitucional del estado de Jalisco, clausura la Real y Literaria Universidad de Guadalajara, como gesto del gobierno de la nacin independiente que se desliga de su pasado colonial. El edificio es adecuado para sus nuevas funciones de palacio legislativo: se derriban las torres, se le agrega el prtico, son retirados los altares, y se adaptan curules para el saln de sesiones. El proyecto estuvo a cargo del arquitecto Jos Gutirrez.

El recinto, por su diferente uso y las diversas modificaciones estructurales, se aleja manifiestamente de su anterior funcin como lugar de culto religioso.

De 1828 a 1833 la Capilla de Loreto aloj la Escuela Normal Lancasteriana y posteriormente funcion como escuela municipal.

Durante la Revolucin Mexicana, en el ao 1914, el edificio es ocupado y convertido en cuartel y caballeriza.Desde 1919 hasta 1948, el ex templo fue la sede de la Direccin General de Estudios Superiores y, posteriormente, Oficina de la Benemrita Sociedad de Geografa y Estadstica.Los murales que adornan la nave central fueron realizados a finales de 1925, por Amado de la Cueva y David Alfaro Siqueiros. De esa poca data tambin el diseo y tallado de la "Puerta Siqueiros" que actualmente se exhibe, montada en un bastidor, a la entrada de la biblioteca. La realizacin corri a cargo de un artesano local, Juan Hernndez. La puerta es un tablero rectangular que enmarca una temtica revolucionaria.

Con la reapertura, en 1925, durante el gobierno de Jos Guadalupe Zuno, de la Universidad de Guadalajara, bajo el rectorado de Enrique Daz de Len, el edificio regresa a formar parte del patrimonio universitario.

Aos despus, en 1930, el "Grupo de la Universidad", integrado por Jess Guerrero Galvn, Jos Parres Arias, Alfonso Michel y Francisco Snchez Flores, decora la bveda de la pequea capilla, a la que bautizaron "Olimpus house", que actualmente es el rea de las oficinas administrativas de la biblioteca.

En 1937 el gobierno del estado, presidido por Everardo Topete, concreta la venta del edificio del Colegio de Santo Toms, anexo al templo, a una compaa norteamericana que lo derriba. Quedan as como nico vestigio del conjunto arquitectnico original el ex templo de Santo Toms y la Capilla de Loreto.

Desde 1948 hasta 1985, el inmueble fue utilizado como oficina de Telgrafos Nacionales. A partir del ao siguiente y hasta 1991, el edificio estuvo cerrado, en un principio abandonado y, despus, sometido a los trabajos de restauracin en los que participaron arquitectos, historiadores y restauradores de arte, en un equipo multidisciplinario, bajo la direccin del arquitecto Gonzalo Villa Chvez.

El 19 de julio de 1991, se inaugura como sede de la Biblioteca Iberoamericana y se le distingue con el nombre del poeta y ensayista mexicano, Premio Nobel de literatura, Octavio Paz.Con su prtico neoclsico aadido a principios del siglo XIX y una cpula monumental.Tiene magnficos frescos hechos por el pintor jaliscienseAmado de la Cueva(1891-1926) yDavid Alfaro Siqueiros(1896- 1974) con estampas de la clase obrera en 1925.