Diagnòstic microbiològic precoç de la sèpsia · GeneXpert (~ 2h) MALDI (20 min) Hemocultiu...
-
Upload
nguyennhan -
Category
Documents
-
view
215 -
download
0
Transcript of Diagnòstic microbiològic precoç de la sèpsia · GeneXpert (~ 2h) MALDI (20 min) Hemocultiu...
Diagnòstic microbiològic precoç de la sèpsia
M. GiménezServei de Microbiologia HUGTiPBarcelona, 19 de Gener de 2012
Importància diagnòstic ràpid sèpsia
Diagnòstic ràpid Sèpsia/ Agent causal/Antibiograma
Presa de decisions clíniques• Instaurar tractament antibiòtic i de suport• Modificar tractament• Restringir espectre antibiòtic• Reingrés pacient alta urgències
Evolució dels pacients: morbi-mortalitat
Diagnòstic ràpid Fase inflamació
Tractament immunomodulador?Evolució i Pronòstic
The estimated risk of death from BSI varied considerably according to the source and resistance of organisms, time to onset, and appropiateness of
treatment. CID 2006; 42:1118-26.
(1980-1990)
Septi-chekR (BBL)Medi bifàsic (Ruiz-Castañeda) Sistèmes semiautomàtics
Eina diagnòstica de la sèpsia: hemocultiu
Automatització:Major rapidesa de temps de deteccióMajor sensibilitatReducció càrrega de treball
Sistemes automàtics d’hemocultius
Rendiment de l’hemocultiu
SENSIBILITAT ESPECIFICITAT
VOLUM DE SANGVOLUM DE SANG
FALSOS NEGATIUS
MÈTODE D’EXTRACCIÓ
LLOC EXTRACCIÓ
FALSOS POSITIUS
• Mètode d’extracció:– Tècnica asèptica:
• Rentat pell del pacient• Antisèpsia• Mascareta
• Lloc d’extracció:– Vena perifèrica– NO catèter
• Contaminacions:– Estafilococs coag. neg.– S. grup viridans– Corynebacterium sp.
Especificitat
[>24 h d’incubació]
7,4
55,4
4,34,9
3,6 3,4
2,533
0
1
2
3
4
5
6
7
8
2000 1 2 6 7 8 9 10 11
Vigilància i control
Contaminacions urgències pediatria
Hemocultiu convencional
Tinció de Gram, un cop detectat creixement
BGN enterobactèria Pseudomonas Diplococs gram positius CGP estafilococ
Antibiograma
Creixement i tècniques identificacióRessembra medis selectius
i enriquits
48-72h
10’
800rpm 3000rpm
10’McF=1
Identificaciói antibiograma
Clin Microbiol Infect 2010; 16: 137-140.
Sèpsia per bacils gramnegatius (BacT/AlerT)
Vitek-2 Compact: Temps identificació: 4,57 ± 1,37 hTemps sensibilitat: 6,52 ± 1,64Microscan: Identificació i antibiograma: 18-24 h.
Mètode convencional: 17h + 24h (I. medi cultiu) + 24h (I. Id. i atb) ~ 65h
Mètode convencional + Vitek:17h + 24h (I. medi cultiu)+ 6h (Id. i atb) ~ 47h
Vitek directe hemocultiu: 17h + 6h (Id. i atb) ~23h
24-48h abans que mètode
convencional!!
Clin Microbiol Infect 2010; 16: 137-140.
10’
750g-2’ 2500g-5’
McF=1.5-2
5’
Identificaciói antibiograma
Performance of Vitek-2 Compact for Direct Identification and Susceptibility Testing of Gram-positive cocci from Positive FAN BacT/ALERT Blood Culture Bottles
M.Giménez, M.D Quesada, S.Molinos, J.Hidalgo, M.C. Colomer, Y.Hernández, V. AusinaHospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Spain
Sèpsia per estafilococs i enterococs (BacT/AlerT)
EspeciesNº aislamientos
Identificaciócorrecta
No identificats Mal identificats
Staphylococci (88)
S.aureus 53 42 (80%) 4 7a
S.epidermidis 25 24 (96%) 0 1b
Otros coagulasa negativos 10 8 2 0
Micrococcus luteus 1 1 0 0
Enterococci (25)
E.faecalis 18 17(94.5%) 0 1c
E.faecium 7 3 (43%) 0 4d
Total 114 95 (83,3%) 6 13
ª S.intermedius (2), Kocuria spp.(2), Aerococcus sp.(1), S.cromogenes (1), S.caprae (1)b Kocuria sp.c E.gallinarum d E. faecalis (1), E. gallinarum (3)
Sèpsia per estafilococs i enterococs (BacT/AlerT)
•2 (1.09%)
•0
•3 (0.68%) •1(0.41%) •434 (98.63%)•440• Total
•241 (99.17%)•243• Resistant
•13 (86.6%)•15• Intermediate
•180 (98.9%)•182• Susceptible
•Enterococcci
•5 (0.37%)•6* (2.23%)•1329 (99.17%)•1340• Total
•261(97.02%)•269• Resistant
•26(89.65%)•29• Intermediate
•1042(100%)•1042• Susceptible
•Staphylococci
•No.of major errors
•(%)
•No.of minor errors
•(%)
•No.of •very major errors•(%)
•No.of strains in agreement • (%)
•No.of•antibiotics •tested
Intepretative
category
Susceptibility category agreement between direct VITEK-2 system and the reference method
*All related to Penicillin. β-lactamase was positive in all cases.Identificació(hores)
Antibiograma(hores)
Bacils gramnegatius 4,5±1,3 6,5±1,6Estafilococs 5,6±1 9,2±1,2Enterococs 3,6±1,3 9,5±3
Accuracy of Vitek-2 Compact for Rapid Identification and Susceptibility Testing Directly from
Positive Paediatric FAN BacT/ALERT Blood Culture BottlesM. D. Quesada, M. Giménez, C. Rodrigo, S. Molinos, J. Hidalgo, M. C. Colomer, V. Ausina.
Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Spain.
Resultats: 35 hemocultius pediàtrics30 (85,7%) ID correcte618 combinacions d’antibiòtics: >99% concordança22/32 (68,7%) pacients: canvis en el tractament antibiòtic
Inici tractament antibiòtic: 8Canvi a un tractament antibiòtic efectiu: 3 (S. aureus, S. epidermidis,
E. cloacae BLEA)
Restricció tractament antibiòtic empíric: 11
Conclusió:•El protocol directe de flascons pediàtrics positius FAN BacT/ALERT utilitzant VITEK-2 compact és fàcil i fiable. Permet començar mesures d’aïllament o canvis en el tractament antibiòtic ~ 24 h. abans que amb els mètodes convencionals en el 68,7% dels pacients.
Sèpsia per bacils gramnegatius, estafilococs i enterococs (BACTEC)
Identificació i antibiogramaautomatitzat
Tinció de Gram, un cop detectat creixement
BGN enterobactèria Pseudomonas CGP estafilococDiplococs gram positius
(Preu: 12 eur)
10’
800rpm 3000rpm
10’McF=0,5-0,63
Impacte informació precoç de les bacterièmies
Identificació i antibiograma ràpid (6.52h ± 1.64)Iniciar precoçment tractament efectiuAjustar tractament empíricAïllament (o desaïllament) de multirresistents
37
4650 52 54 54,3
0
10
20
30
40
50
60
1996 2001-2004
2005-2006
2007-2009
2010 2011
Bacteriemia por Staphylococcus aureus complicada Implicación de los factores de virulencia de la cepa
Factores de virulencia nº pacientes (% el total)
CHIPS 52 ( 74,3%)SCIN 50 ( 71,4%)PVL 2 (3%)
TSST-1 12 ( 17,2%)Enterotoxinas 37 ( 53%)
mecA 13 ( 18,6%)Factores de virulencia
Factores de virulencia nº pacientes (% el total)
CHIPS 52 ( 74,3%)SCIN 50 ( 71,4%)PVL 2 (3%)
TSST-1 12 ( 17,2%)Enterotoxinas 37 ( 53%)
mecA 13 ( 18,6%)Factores de virulencia
bacteriemia de origen en el catéterPVL2 pacientes foco en un absceso isquio-rectal
mec A13 pacientes
9 Complicaciones
6 Shock séptico4 Metástasis sépticas
Foco aparente7 catéter2 EHQ4 cutáneo
tst12 pacientes
10 curación
1 recidiva1 exitus relacionado
En ningún caso se encontraron eta, etb( toxinas exfoliativas)
chp se relacionó con la presencia de complicaciones (86,2%), pacientescon shock séptico (94,4% ), con una diferencia estadísticamentesignificativa.
Entre tst y el foco de origen o el desarrollo de complicaciones no seencontró relación. Tampoco con los demás factores de virulencia
Conclusiones
1. La mayoría de bacteriemias por S.aureus son nosocomiales y de origen en el catéter.
2. El 41,4% de los pacientes presentan complicaciones. Las más frecuentes fueron metástasis sépticas y shockséptico.
3. El tratamiento diferente a cloxacil·lina es un factor de riesgo de evolución desfavorable
4. La presencia de CHIPS se relaciona significativamente con la evolución a shock séptico.
nº pacientes=71
Sèpsia per S. aureus .Detecció precoç.
A B
C D
S.aureus S.epidermidis
Flascó anaerobi Flascó anaerobi
Flascó aerobi Flascó aerobi
Cèl·lules petites ( <1μm)Grans agrupacions
Cèl·lules grans(≥1 μm)Petites agrupacions
Cèl·lules grans(≥1 μm)Agrupacions 8-32 cèl·lules
Cèl·lules variablesPetites agrupacions
Murdoch D R et alJ.Clin Pathol 2004; 57:199-201
Sèpsia per S. aureus .Tinció de Gram.
Prova S (%) E (%) VPP (%) VPN(%)
PC en tub(Preu: 5 €)
84,1 100 100 88,9
Rapidec Staph(bioMerieux)
(Preu: 5 €)
95,7 98,9 98,5 96,7
PNA FISH(AdvanDx)
98,6 100 100 98,9
Chapin et al. J Clin Microbiol 2003; 41: 4324-4327
Diferenciar S. aureus /ECN directament de l’hemocultiu
Prova S (%) E (%) VPP (%) VPN(%)
PC en tub(Preu: 5 €)
84,1 100 100 88,9
Rapidec Staph(bioMerieux)
(Preu: 5 €)
95,7 98,9 98,5 96,7
PNA FISH(AdvanDx)
98,6 100 100 98,9
Chapin et al. J Clin Microbiol 2003; 41: 4324-4327
Diferenciar S. aureus /ECN directament de l’hemocultiu
157/1*ECN
10099,299,4100128/128S. aureusVPN (%)VPP (%)E (%)S (%)HC+/Prova +Microorg.
* Staphylococcus schleiferiClumping factor
DNA asa
•Microscopi de fluorescència•Objectiu especial
2h
Temps procediment“in hands”: 30’
S. aureus PNA FISH
• Mostres: 94 flascons positius (36 pacients)*• S. aureus: 77 (82%), 15 (19,4%) SARM• S. epidermidis: 17 (18%)• S: 100%• E: 100%• VPP I VPN: 100%
* 3 flascons no va surtir el control positiu
RESULTATS:
GENOMERA MRSA/SA (ABACUS Diagnostica-Alere)
50’
Resultat: 16 mostres concordants amb mètode de referència
MALDI-TOF-MS (Espectòmetre de masses)
• Protocol:– 200 µL + 40 µL (5% saponina): 5’– Aigua destilada fins 1,5 mL: 2 rentats a
16.600 g 1’.– Sediment: 5 µL ac. trifluoroacètic 10%– 1 µL tarjeta MALDI (protocol espectr.)– Mixtes: millora tinció Gram.
Ferroni A, Suarez S, Beretti JL et al. JCM 2010; 1542-1548
20’
Sang
Hemocultiu Tub + EDTA
Positiu NegatiuAmplificació
PCR microorganisme-
específica
PCR- Multiplex
PCR- Universal
Cultiu convencional
Identificació proteïnes
Identificació ac. nucleics
Espectrometria
Hibridació
Amplificació
FISH
PCR específicaPCR universal
Piroseqüenciació
Microarray
15h 15h
SeptiFAST (Roche)Microorganismes inclosos en l’assaig
Protocol
Vi sang: 3mLPas de lisis previPCR a temps real: identificació dels microorganismes per diferents sondes
Internal Transcribed Spacer Region
(ITS)
• Multiple copies• Well investigated• Excellent for differentiation
16 S 23 SITS
Multi-copy target regions
Preu per mostra: 289 €
6 h
SeptiFAST: ResultatsComparació resultats obtinguts SepstiFAST/Hemocultius
Article N mostres Sensibilitat Especificitat VPP VPNWesth, H et al Clin Microbiol Infect, 2009;15:544-51 558 68% –a) –a) –a)
Avolio, M et al. Shock, 2010;34(1), 27-30 144 –a) 90,10% 75% 96,80%
Josefson, P et al. Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 2011;30(9)1127-34 1093 –b) 98% –b) 97%
a) No especificat a l'articleb) especificat per a cada microorganisme de l'assaig, no valors generals
Josefson, P et al. EJCM 2011; 30; 1127-34. Sensibilitat i VPP segons microorganisme
PLEX-ID (Abbott Molecular)Microorganismes inclosos en l’assaig
Protocol
Vi sang: 1,250 mLPas de lisis previPCR convencionalIdentificació dels diferents microorganismes per espectrometria de masses (ESI-MS) (composició de bases dels fragments de PCR)
Primers universals, no limitació de detecció
Preu per mostra: 70-100 €Inversió prèvia en tecnologia
6-8 h
Identificació convencional del patogen
Sang total Hemocultiu
MOSTRES D’ESTUDI
DNA Sang directa
DNA Hemocultius
MOSTRES CLÍNIQUES
Identificació molecular del patogen mitjançant el PLEX-IDAmplificació amb primers universals
Detecció per espectometria de masses (ESI-MS)
PCR
PLEX-ID
PLEX-ID: Resultats
32; 39%
6; 7%
44; 54%
Igual ID PCR/HCDiferent ID PCR/HCNo detecció PCR
Nº Mostres Sensibilitat Especificitat VPP VPN
232 61% 83% 72% 74%
Hemocultiu positiu monomicrobiàHemocultiu positiu polimicrobià
1; 5%4; 21%
12; 64%
1; 5% 1; 5%Igual ID PCR/HCDetecció extra PCRDetecció extra HCNo detecció PCRResultat complex
19; 15%
112; 85%
(+) PCR(-) PCR
Hemocultiu negatiu
8: SC7: contaminats4: ?
4h30’ 6-8h
SANGTOTAL
PCR-ESI-MS(PLEX-ID)
PCR multiplex(Septifast)
PCR específica microorganisme
GeneXpert(~ 2h)
MALDI(20 min)
Hemocultiupositiu
Extracció DNA
~15h ~40h-48 ~60-72 h~22h
Vitek 2 Compact
~6h
~24h ~24h
IDENTIFICACIÓ!!
IDENTIFICACIÓ!!
Mancini N, Carletti S, Ghidoli N et al. Clin Microbiol Rev 2010; 23: 235-251.
Importància diagnòstic precoç sèpsia
Diagnòstic ràpid Sèpsia/ Agent causal/Antibiograma
Presa de decisions clíniques• Instaurar tractament antibiòtic i de suport• Modificar tractament• Restringir espectre antibiòtic• Reingrés pacient alta urgències
Evolució dels pacients: morbi-mortalitat
Diagnòstic ràpid Fase inflamació
Marcadors de l’inflamació
The estimated risk of death from BSI varied considerably according to the source and resistance of organisms, time to onset, and appropiateness of
treatment. CID 2006; 42:1118-26.
Mesura de citocines:ràpid turnover, vida mitja curta en plasma, factors bloquejants,
producció compartimentalitzada
Marcadors d’inflamació. Hem de triar….
Increment en sèrum/plasma en resposta a infecció o dany tissular Vida mitja més llarga
Menys variació en els nivells diarisEstables in vivo i ex vivo
Fàcil mesura
IL-6, IL-8,sTREM-1
Proteïnes de fase aguda
“Hormokines”
Regulades per citocines Hormones amb comportament “citocina-like” durant la sèpsia
Proteïna C reactivaNeopterina
Procalcitonina
EJCMID 2004; 23: 136-138
Evaluation of procalcitonin, neopterin, IL-6 and IL-8 as a diagnostic marker of infection in patients with febrile neutropenia.
Cristina Prat1, Juan Manuel Sancho2, Josep Domínguez1, Blanca Xicoy2, Montse Giménez1, Christelle Ferrà2, Silvia Blanco1, Josep Maria Ribera2 and Vicenç Ausina1
1Servei de Microbiologia, 2Servei d’Hematologia. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Universitat Autònoma de Barcelona, Spain
Leukemia & Linfoma 2008; 49; 1752-1761.
Serum Concentrations of Procalcitonin After Cardiac Surgery
C. Prat1, P.Ricart2, X.Ruyra3, J.Domínguez1, J.Morillas2, S.Blanco1, T.Tomasa2, T.Torres2, L.Camara3, A.Pallarés1 and V.Ausina1
1Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Badalona, Spain. Facultat de Medicina. Universitat Autònoma de Barcelona, Barcelona, Spain, 2Servei de Medicina Intensiva, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol,
3Servei de Cirurgia Cardíaca, Hospital Universitari Germans Trias i PujolJ Card Surg 2008; 23: 627-32.
Marcadors d’inflamació
Conclusions
• La procalcitonina és un marcador sensible i específic d’infeccióbacteriana sistèmica
• Neutropènics: nivells de PCT són mes elevats en la sèpsia per gramnegatius a les 24-48 h. Tendència a nivells més alts en infeccions fúngiques al 4-5 dia.
• Les determinacions seriades de marcadors tenen un valor pronòstic.
• És probable que l’òptima rendibilitat s’obtingui amb l’adequada
combinació de marcadors, i l’adequada selecció de pacients.
• L´ús de marcadors no ha de substituir mai un correcte diagnòstic i
seguiment clínic i microbiològic.
Marcadors d’inflamació
Meningitisbacteriana: 25 pacientesNeisseria meningitidis: 18 pacientesStreptococcus pneumoniae: 6 pacientesHaemophilus influenzae: 1 paciente
Meningitis aséptica: 18 pacientesHemocultivos y cultivos LCR negativosAnálisis LCR compatible
Infección bacteriana localizada: 22 pacientesConjuntivitis purulenta, otitis meda aguda, sinusitis, faringitis estreptocócica
Sèpsia i Meningitis
Cut- off PCT 2 ng/mlCRP 40 mg/L
Meningitis bacteriana vs asèptica:Sensibilidad PCT 100% CRP 88%Especificidad PCT 100% CRP 72.2%
Meningitis bacteriana vs infecció localitzada:
Sensibilitat PCT 100% CRP 88%
Especificitat PCT 100% CRP 50%
PCT es un marcador sensible i específic d’ infecció bacteriana sistèmica.
Evaluation of procalcitonin, neopterin, IL-6 and IL-8 as a diagnostic marker of infection in patients with febrile neutropenia.
Cristina Prat1, Juan Manuel Sancho2, Josep Domínguez1, Blanca Xicoy2, Montse Giménez1, Christelle Ferrà2, Silvia Blanco1, Josep Maria Ribera2 and Vicenç Ausina1
1Servei de Microbiologia, 2Servei d’Hematologia. Hospital Universitari Germans Trias i Pujol. Badalona. Universitat Autònoma de Barcelona, SpainLeukemia & Linfoma 2008; 49; 1752-1761.
Febre neutropènica
Pacients amb neoplàsia hematològica.Tractament inducció, consolidació o TAPH.
Febre neutropènica
Febre documentada microbiològicament. 26 pacientsBacterièmia primària. 12 pacientsBacterièmia d’origen en el catèter. 7 pacientsInfecció respiratòria. 1 pacientInfecció urinària. 6 pacients
Febre sense documentació microbiològica d’infecció. 31 pacientsInfecció fúngica probable. 4 pacientsMucositis. 18 pacientsFebre d’origen desconegut. 9 pacients
P=0.007
P=0.412 P=0.422
P=0.143
Nivells de PCT més elevats en bacterièmia per gramnegatius a les 24-48 h
Post-operats cirurgia cardíaca
Serum Concentrations Of Procalcitonin After Cardiac Surgery
C. Prat1, P.Ricart2, X.Ruyra3, J.Domínguez1, J.Morillas2, S.Blanco1, T.Tomasa2, T.Torres2, L.Camara3, A.Pallarés1 and V.Ausina1
1Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Badalona, Spain. Facultat de Medicina. Universitat Autònoma de Barcelona, Barcelona, Spain, 2Servei de Medicina Intensiva, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol,
3Servei de Cirurgia Cardíaca, Hospital Universitari Germans Trias i PujolJ Card Surg 2008; 23: 627-32.
Cirurgia cardíaca: 151 pacientsBypass CPB: 69 pacients
Recanvi valvular: 69 pacientsOff-pump bypass: 13 pacients
Complicacions. Infeccioses: 7 pacientsNo infeccioses: 8 pacients(shock cardiogènic, insuficiència renal)
Cirurgia cardíaca amb bypass cardiopulmonar (CPB)Clampatge aòrtic Exposició de la sang a superfícies no fisiològiques Alliberament d’endotoxines SIRS
Discret augment nivells de PCT en el primer dia post-operatoriElevació significativa només en presència de complicacions
No elevació en relació a temps de CPB, temps de clampatge aòrtic o temps de VM