Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina
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Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina
II Seminario EC3 sobre evaluación y comunicación de la ciencia
Alberto Labarga
http://ec3.ugr.es/seminario2009/
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La generación de información es un aspecto clave de la investigación
biomédica
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No sólo es importante la cantidad sino la complejidad de las interacciones
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Applied Biosystems ABI 3730XL
Illumina / Solexa Genetic Analyzer
Applied BiosystemsSOLiD
Roche / 454 Genome Sequencer
1 Mb/day 100 Mb/run 3000 Mb/run
La tecnología ha aumentado recientemente esta capacidad de
generación de datos
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PubMed statisticshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez
>17 million citations
>400,000 added/year
~70 million searches/month
PubMedCentral statisticshttp://www.pubmedcentral.nih.gov
> 500 journals>2 million full text papers
~20 million retrievals/month
Lo que se traduce en un incremento en la producción científica
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Scientific information available in 2010 will double every 72 hours
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Tradicionalmente, las bases de datos (Uniprot, EMBLbank) son el nodo central
del conocimiento científico
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y las referencias son material de soporte
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pero eso está cambiando
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A contest created to improve the way scientific information is communicated and used. The contest invites members of the scientific community to describe and prototype a tool to improve the interpretation and identification of meaning in (online) journals and text databases relating to the life sciences.
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hay tres formas básicas de explicitar el
conocimiento almacenado en las publicaciones
científicas
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1. capturar el conocimiento explicitamente
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Structured Digital Abstracts Experiment– To develop and fine tune simple tools to facilitate
data entries and the authors selection of terms from controlled vocabularies.
– To propose a text layout for a structured abstract to be appended to the traditional abstract.
– To investigate and estimate the authors' degree of interest (and competence) in a project implicating them as active players in this "editorial revolution".
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2. extraer el conocimiento
usando minería de textos
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http://www.ihop-net.org
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http://www.knewco.com/
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generar conocimiento
colectivamente
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web 1.0: Acceder el conocimiento web 2.0: Recoger conocimiento
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redes sociales
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wikis científicas
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blogs
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I was lost but now I live herehttp://shirleywho.wordpress.com/Shirley Wu
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What You’re Doing Is Rather Desperatehttp://nsaunders.wordpress.comNeil Saunders
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HubLog
Alf Eaton
http://hublog.hubmed.org/
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Nodalpointhttp://www.nodalpoint.org/
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microblogging
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![Page 38: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/38.jpg)
web 1.0: Acceder conocimiento web 2.0: Recoger conocimiento web 3.0: Aplicar conocimiento web 4.0: Generar conocimiento
![Page 39: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/39.jpg)
living document
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El Living Document no es uno que se (re)escribe continuamente como en le enfoque wiki, sino un que actúa como node de interconexión entre otros documentos y bases de datos, mediante el uso de etiquetado colaborativo y ontologías
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arquitectura
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user management (FOAF)
retrieval SPI annotation SPI
Elsevier Pubmed BMC Custom whatizit reflect knewco ihop
XSLT+DHTML +CSS
tag management (MOAT)
document management (POAP)
web application
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![Page 44: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/44.jpg)
![Page 45: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/45.jpg)
interfaces
![Page 46: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/46.jpg)
Antileukoproteinase, Secretory leukocyte protease inhibitor, P03973
uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/P03973genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id=P03973dasty: http://www.ebi.ac.uk/dasty/client/ebi.php?q=P03973
>sp|P03973|SLPI_HUMAN Antileukoproteinase OS=Homo sapiens GN=SLPI MKSSGLFPFLVLLALGTLAPWAVEGSGKSFKAGVCPPKKSAQCLRYKKPECQSDWQCPGK KRCCPDTCGIKCLDPVDTPNPTRRKPGKCPVTYGQCLMLNPPNFCEMDGQCKRDLKCCMG MCGKSCVSPVKA
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Links
uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$genecards: http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?id=$ID$
Add new
Retrieve
uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.txtuniprotXML : http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.xml fasta: http://www.uniprot.org/uniprot/$ID$.fasta
Add new
For a given annotation you can define links and ways to retrieve information.
Links will be shown in the tag popup so you can visit the site
Retrieval links will be used to download information in a given format, for example, all protein sequences mentioned in the text.
fastaDownload
ALP
Antileukoproteinase Secretory leukocyte protease inhibitor WAP4 HUSI-1
BLPI
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http://www.wired-marker.org
![Page 49: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/49.jpg)
http://www.shiftspace.org/
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![Page 55: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/55.jpg)
![Page 56: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/56.jpg)
![Page 57: Comunicación y uso de la literatura científica en biomedicina](https://reader035.fdocuments.mx/reader035/viewer/2022062707/558370a4d8b42a79658b4f17/html5/thumbnails/57.jpg)
web services high thoughput
textvisualization
integration
miningdata analysis
ontologies