Microbiologia del suelo para estudiantes de microbiologia ambiental
CASOS PRACTICOS EN MICROBIOLOGIA CLINICA carlos rodriguez diaz s. microbiologia hospital general...
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JUAN CARLOS RODRIGUEZ DIAZ
S. MICROBIOLOGIA
HOSPITAL GENERAL UNIVERSITARIO DE ELCHE
CASOS PRACTICOS EN MICROBIOLOGIA CLINICA
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CASO CLINICO 1: Paciente joven con sospecha de tuberculosis
Datos clínicos• Hombre• 27 años• Fumador• Tos de 20 días de evolución• Febrícula vespertina• Pérdida de peso de 8 kg• Lesión radiológica en pulmón
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CASO CLINICO 1: Paciente joven con sospecha de tuberculosis
Muestras a procesar• Tres muestras de esputo de días diferentes• Aspirado bronquial• Lavado bronquial • Cepillado bronquial• Biopsia pulmonar
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Patogenia de la tuberculosis
Respuesta del sistema inmuneDiseminación hematógena
Infección tuberculosa o Tuberculosis latente
Enfermedad tuberculosa
Entrada del microorganismo
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Métodos clásicos de diagnóstico de la infección tuberculosa
Prueba del Mantoux o de la tuberculina
� Basada en:� Inoculación de una mezcla de antígenos obtenidos de un cultivo inactivado
� Lectura de la induración a las 48-72hPRINCIPALES VENTAJAS� Existen consensos internacionales para su interpretación
� Amplia experiencia clínicaINCONVENIENTES� Reacción cruzada con:
� BCG�Micobacterias no tuberculosas� Falta de sensibilidad (anergia)
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Nuevos métodos de diagnóstico de la infección tuberculosa
IGRAs (interferon gamma release assay)
� Basada en:� Detección de la producción de interferon en
leucocitos estimulados in vitro con antígenos específicos de M. tuberculosis (ES AT-6 y CFP-10)
� PRINCIPALES VENTAJAS� Evita las reacciones cruzadas con la vacuna y
con muchas de las micobacterias no tuberculosas
� Útil en vacunados e inmunodeprimidosINCONVENIENTES� Coste� No está evaluado en profundidad su
verdadero significado en algunos casos
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Métodos de diagnóstico de la enfermedad tuberculosa
Tinciones• Ziehl Neelsen• Auramina
PRINCIPALES VENTAJAS� Rapidez� Bajo costeINCONVENIENTES� Falta de sensibilidad� No diferencia entre M. tuberculosis y micobacterias no tuberculosas
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Métodos de diagnóstico de la enfermedad tuberculosa
Cultivos• Sólidos: Lowenstein, Coletsos• Líquidos automatizados: MGIT
PRINCIPALES VENTAJAS� Sensibilidad� Aislamiento de la cepa para estudios posteriores: sensibilidad, etc� Permite diferenciar entre M. tuberculosis y micobacterias no
tuberculosasINCONVENIENTES� Lentitud: 2-4 semanas
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Métodos de diagnóstico de la enfermedad tuberculosa
Sistemas de biología molecular
• PCR a tiempo real
• Amplificación e hibridación con sondas específicas
PRINCIPALES VENTAJAS� Sensibilidad, aunque menor que el cultivo� Permite diferenciar entre M. tuberculosis y micobacterias no
tuberculosas� Rapidez� Permite conocer la resistencia antibióticaINCONVENIENTES� Coste� No permite obtener la cepa� No sustituye a los métodos clásicos sino que los complementa
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Métodos moleculares de diagnóstico de la enfermedad tuberculosa
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Métodos moleculares de detección de resistencias en Mycobacterium tuberculosis
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Caso clínico 2: Mujer joven con infección urinaria
Cistitis (infección de vías bajas)• Micción dolorosa: Disuria• Micción frecuente: Polaquiuria• Sensación continua de necesidad de orinar: Tenesmo• Escasa sintomatología
Pielonefritis
(infección de uréteres y riñones)• Fiebre• Dolor lumbar• Afectación general• Síntomas de cistitis
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Caso clínico 2: Mujer joven con infección urinaria
Muestras a tomar
Cistitis�Muestra de orina para cultivo cuantitativo
� Pielonefritis�Muestra de orina para cultivo cuantitativo�Hemocultivos para bacterias aerobias y anaerobias
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Caso clínico 2: Mujer joven con infección urinaria
Cultivo cuantitativo
� Para diferenciar infección y colonización uretral: 100.000 colonias/ml de orina
� Principales patógenos:�Escherichia coli�Proteus mirabilis�Enterococcus faecalis
� Se realiza en varios medios: �CLED�Agar sangre�Agar mac Conkey
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Caso clínico 3: Viajero que regresa de Méjico con diarrea
Causas
� Bacterianas�Salmonella�Campylobacter�Shigella�Vibrio
� Virus�Rotavirus�Adenovirus�Norovirus
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Parásitos: clasificación
• Protozoos:– Amebas
– Ciliados
– Flagelados
– Apicomplexa
– Microspora
• Helmintos– Platelmintos
• P. cestodos
• P. trematodos
– Nemátodos
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Protozoos: Amebas
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Protozoos ciliados
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Protozoos: flagelados
Trichomona vaginalis
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Protozoos: flagelados II
Leishmania spp Tripanosoma spp
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Protozoos: Apicomplexa
Pasmodium Toxoplasma gondii
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Protozoos: Apicomplexa II
Cryptosporidium spp
Isospora belli
Cyclospora cayetanenesis
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Protozoos: Microspora
Enterocytozoon spp
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Platelmintos: cestodos
Tenia spp. Ecchinococcus ssp.
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Platelmintos: tremátodos
Fasciola hepatica Schistosoma mansoni
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Nemátodos I
Trichuris trichiura Trichinella spiralis
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Nemátodos II
Enterobius vermicularis Ascaris lumbricoides
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Nematodos III
Toxocara canis Strongyloides stercoralis
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Nemátodos III
Necator americanus Anylostoma duodenale
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Nemátodos IV
Filarias sp
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Identificación de los microorganismos
Se utilizan pruebas bioquímicas, sensibilidad a algunos compuestos, secuenciación y espectrometría de masas
� Pruebas bioquímicas:�Fermentación de azúcares: glucosa, lactosa, etc�Hidrólisis de la urea
� Sensibilidad a:�Optoquina�Bacitracina
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Identificación de los microorganismos
Secuenciación de algunos genes
� Bacterias: Gen 16S rRNA� Hongos: Genes ITS 1 y ITS4
Espectrometría de masas (Malditof)
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Estudio de la sensibilidad antibiótica
Concentración mínima inhibitoria (CMI): Mínima concentración del antibiótico que inhibe el crecimiento bacteriano in vitro
Métodos
� Sistema disco placa: Utiliza discos impregnados que se ponen en un medio sólido
� Sistema microdilución: Utiliza concentraciones seriadas de antibióticos en cultivos líquidos
� E-test: Tiras con un gradiente de antibióticos que se ponen sobre un cultivo sólido
� Detección molecular de genes de resistencia
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Estudio de la sensibilidad antibiótica
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Caso clínico 4: Paciente con sospecha clínica de HIV
Datos clínicos
• Varón• 25 años• Antecedentes de uso de drogas por vía
parenteral hace 5 años• Asintomático
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Caso clínico 4: Paciente con sospecha clínica de HIV
Detección de anticuerpos
• Cribado mediante enzimoinmunoensayo (ELISA)
• Su negatividad descarta la infección salvo en primoinfección (infección muy reciente)
• Si es positivo siempre hay que confirmar por western Blot y PCR
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Interpretación de resultados serológicos
Exposición al microorganismo
• Presencia de anticuerpos en el suero del paciente
Diagnóstico de infección aguda:
• Detección de IgM
• Seroconversión
• Al cuantificar dos sueros del paciente separados 3-4 semanas se observa un incremento importante de la cantidad total de anticuerpos
• El suero en fase aguda puede ser negativo
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Interpretación resultados serológicos