CAR

http://acarus.uson.mx/cursos2013/car.htm

Sistemas de CAR en la UNISON

Responsable :

María del Carmen Heras Sánchez

Asesores Técnicos :

Aracely Dzul Campos

Daniel Mendoza Camacho

Yessica Vidal Quintanar

http://acarus.uson.mx/

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Practicas de Ejecución de Software

Uso Software en Mezquite

• Gaussian 09 Rev. B.01• NwChem 6.1• Matlab R2010b

Script Gaussian 09 - Mezquite

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=2

#PBS -l walltime=4:00:00

#PBS -N g09-test

#PBS -q rack1

#PBS -k eo

SCRATCH_DIR=/scratch/${USER}/${PBS_JOBID}

mkdir -p $SCRATCH_DIR

export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR

cd $PBS_O_WORKDIR

export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\""

export g09root=/usr/local

source /usr/local/g09/bsd/g09.profile

g09 < test941.com > test941.log

rm -rf $SCRATCH_DIR

NWChem 6.1 - Mezquite

Asegurarse de tener el archivo .nwchemrc en HOME

nwchem_basis_library /home/nwchem-6.1/data/libraries/

nwchem_nwpw_library /home/nwchem-6.1/data/libraryps/

ffield amber

amber_1 /home/nwchem-6.1/data/amber_s/

amber_2 /home/nwchem-6.1/data/amber_q/

amber_3 /home/nwchem-6.1/data/amber_x/

amber_4 /home/nwchem-6.1/data/amber_u/

spce /home/nwchem-6.1/data/solvents/spce.rst

charmm_s /home/nwchem-6.1/data/charmm_s/

charmm_x /home/nwchem-6.1/data/charmm_x/

Script NWChem 6.1 – Mezquite

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=2

#PBS -l walltime=4:00:00

#PBS -N nwchem-test

#PBS -q rack1

#PBS -k eo

#PBS -V

export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE)

cd $PBS_O_WORKDIR

source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64

module load nwchem-6.1

mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out

Uso de Software en Ocotillo

• Gaussian 09 Rev. B.01• NWChem 6.0• Quantum Espresso 5.0.2 GPU

Script Gaussian 09 - Ocotillo#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=8

#PBS -l walltime=4:00:00

#PBS -N g09-test

#PBS -q q128d

SCRATCH_DIR=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID}

mkdir -p $SCRATCH_DIR

export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCH_DIR

cd $PBS_O_WORKDIR

export GAUSS_LFLAGS="-v v -nodelist \"$(uniq $PBS_NODEFILE | xargs)\""

export g09root=/usr/local

source /usr/local/g09/bsd/g09.profile

g09 < test941.com > test941.log

rm -rf $SCRATCH_DIR

NWChem 6.0 - Ocotillo

Asegurarse de tener el archivo .nwchemrc en HOME

nwchem_basis_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraries/

nwchem_nwpw_library /usr/local/Nwchem-6.0/data/libraryps/

ffield amber

amber_1 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_s/

amber_2 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_q/

amber_3 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_x/

amber_4 /usr/local/Nwchem-6.0/data/amber_u/

spce /usr/local/Nwchem-6.0/data/solvents/spce.rst

charmm_s /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_s/

charmm_x /usr/local/Nwchem-6.0/data/charmm_x/

Script NWChem 6.0 - Ocotillo

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=2

#PBS -l walltime=4:00:00

#PBS -N nwchem-test

#PBS -q q128d

export NCPUS=$(wc -l < $PBS_NODEFILE)

cd $PBS_O_WORKDIR

module load parallel_studio-2013

module load nwchem-6.0

module load mpich-3.0.2

mpirun -n $NCPUS -f $PBS_NODEFILE nwchem h2o.in > h2o.out

Script Quantum Espresso - Ocotillo

#PBS -l nodes=ibnodo2-7:ppn=2

#PBS -l walltime=48:00:00

#PBS -N quantum-test

export NCPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load quantum/espresso-5.0.2-i

mpirun -np $NCPUS -hostfile $PBS_NODEFILE $BIN_DIR/pw-gpu.x < QE.in > QE.out

Software - Choya

• Matplot• Geany

COMO EJECUTAR MATPLOTLIB ?

Aplicación grafica -> Xming + Putty

Es necesario la interfaz pylab -> implementar el servidor de ventanas X, (Xming – 6.9.0.24.exe ) el cual lo puedes descargar de la página del Acarus: http://www.acarus.uson.mx/descargas/y ejecutarlo.

Después abrir una terminal con el putty pero antes de ingresar  tienes que habilitar la siguiente opción para que te habilite el display:  que se encuentra en la pestaña de SSH, la opción X11  y habilitas el recuadro de Enable X11 forwarding.

 

MatPlot

Se ejecuta con la opción ipython –pylab

Es un editor de texto pequeño y ligero con características básicas de entorno de desarrollo integrado (IDE). Utiliza librerías GTK para su funcionamiento. Está disponible para distintos sistemas operativos, como GNU/Linux, Mac OS X, BSD, Solaris y Microsoft Windows. Es distribuido como software libre bajo la Licencia Pública General de GNU.

Características:

Resaltado de sintaxis. Plegado de código.

Autocompletado. Cierre automático de etiquetas XML y HTML.

Muestra de consejos.Muchos tipos de archivos soportados tales como C, Java, PHP, Python, Perl, Pascal y más

Listas de símbolos. Código de navegación.

Fácil gestión de proyectos.Construir un sistema (conjunto de ejecuciones) para compilar y ejecutar el código

Soporte para plugins  

Geany

Menú Construir opción Selecciona inclusiones y Argumentos

Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo

Ingresar en ejecución:mpirun -np 4 ./hola_mundo

Ingresar en compilar : mpicc hola_mundo.c -o hola_mundo

Ingresar en ejecución:qsub script_mpi.pbs

qstatcat nombre_trabajo.o80 cat mpi_trabajo.o80