Uso de bases de datos bibliográficas. Creación de bibliotecas personales de citas bibliográficas
Búsquedas bibliográficas en bases de datos
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Búsquedas bibliográficas
Búsquedas bibliográficas en bases de datos
Tema 1
Javier Burguillo Universidad de Salamanca
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1. Elegir las bases de datos adecuadas
2. Desglosar la pregunta de investigación en palabras clave
3. Combinar las palabras clave correctamente (AND, OR, NOT) y tomar precauciones para no perder palabras claves equivalentes (ej. array, microarray, biochip)
4. Usar filtros adecuados para encontrar un número de citas más ajustado (Human, All child (0-18 years), Clinical Trials, etc)
Etapas de una búsqueda bibliográfica
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Bases de datos generalistas
NCBI(National Center Biotechnology)
Entidad (Empresa) Base de datos
Medline
(PubMed)
Acceso a través de:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Bibliotecas de la Universidad de
Salamanca
EMBASE (Medline + 1800 rev.)
WEB OF SCIENCE FECYT
Current Contents
IPA (International Pharmaceutical Abstratcs (Ovid))
SCOPUS
http://www.embase.com OVID
http://bibliotecas.usal.es
Cumulative Index to Nursing and Allied Helath Literature CINAHL
http://bibliotecas.usal.es
http://www.sciencedirect.com/SCINCE DIRECT (ELSEVIER)
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Bases de datos bibliográficas
• Generalistas
• Especializadas
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Bases de datos especializadas en Medicina Basada en la Evidencia (1/2)
Cochrane (español)(Centro Cochrane Iberoamericano)
Portal
Cochrane plus
Acceso a través de:
http://www.cochrane.es
Cochrane (Inglés)(Cochrane collaboration)
EvidenceMatters
Cochrane library
http://www.evidencematters.com
Base datos
http://www.cochrane.org/
EvidenceMatters (Pago)
Wolterskluwerhealth http://www.wolterskluwerhealth.com/Wolters Kluver (Pago)
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Portal Acceso a través de:
Clinical Evidence in BMJ
CRD
Clinical Evidence
http://www.york.ac.uk/inst/crd
Base datos
http://www.clinicalevidence.com
CEBM http://www.cebm.net
Centre for Reviews and Dissemination
Centre for evidence based medicine
NHS Evidence (UK) https://www.evidence.nhs.uk/NHS Evidence
CASPECritical Appraisal Skills
Programme Españolhttp://www.redcaspe.org/
Bases de datos de Medicina Basada en la Evidencia (2/2)
http://www.tripdatabase.com/Trip Database Trip
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Elegir las bases de datos adecuadas
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¿Qué es Medline?
• Es la base de datos electrónica de citas bibliográficas de la U.S. National Library of Medicine.
• Fue creada en 1971 a partir de varios índices médicos ya existentes en papel (Index Medicus (1879), Index to Dental Literature, etc.).
• Indexa citas desde 1966 hasta la fecha, con un total de aproximadamente 23 millones de referencias hasta Agosto 2013.
• En la actualidad captura 600000 citas al año de más de 4800 revistas en 30 idiomas.
•Contiene principalmente trabajos de investigación en Medicina, Farmacia, Biología, Salud Pública, etc.
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¿Cómo es Medline?
• Cada registro de Medline es la cita bibliográfica de un artículo científico publicado en una revista.
• El proceso de indexación de los artículos se hace en base a una tabla que recoge en diferentes “campos” (columnas de la tabla) las características de los artículos:
PMID Autores Título Revista Año Volumen páginas MESH
1243456 Smith F “Study on re..”
Int. J. Biochem
2006 25 234-245 Epistaxis
------ ----- ----- ----- ---- ---- ------ -----
campos
registros
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¿Cómo se accede a Medline?Hay varios sitios e interfaces de acceso
PubMed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Incluye: Old Medline (1950-1965) PreMedline (indexados inicialmente) Medline (1966- fecha) Publisher Supported (Artículos en prensa)
Buscador excelente
Muchas referencias con texto completoPara cada referencia muestra “referencias relacionadas”
Guarda búsquedas en MyNCBI
(Gratuito)
Medline (WoS)
Medline (OVID)http://bibliotecas.usal.es/
http://bibliotecas.usal.es/
(Suscrito por USAL)
(Suscrito por USAL)
Incluye: Old Medline (1950-1965) PreMedline (indexados inicialmente)
Medline (1966- fecha) Buscador bueno
Incluye: Old Medline (1950-1965) PreMedline (indesados inicialmente) Medline (1966- fecha)
Buscador bueno
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Página de inicio de PubMed
Caja para escribir los términos en “Búsqueda básica”
Ayudas Búsquedas específicas: por autor, por clínica..
Búsquedas por MESH, ensayos clínicos……
Abre la pantalla de “Búsqueda avanzada”
Ejecuta búsqueda
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Búsqueda basica en PubMed
Demasiadas
Filte
rs
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Módulo 1 Eligiendo los filtros (Customize)
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Búsqueda básica en PubMed (escribiendo palabras en la caja de búsqueda)
Nota previa: PubMed no distingue entre mayúsculas y minúsculas
•Por términos o palabras claves
leukemia imatinib microarrays
Pubmed hace un “mapeo” interno optimizando la búsqueda:
("leukaemia"[All Fields] OR "leukemia"[MeSH Terms] OR "leukemia"[All Fields]) AND ("imatinib"[Substance Name] OR "imatinib"[All Fields]) AND microarrays[All Fields]
(este “mapeo” interno se puede ver en pestaña “ Search Details”)
•Por nombre del autor
Bardsley WG Sin signos de puntación (no vale Bardsley, W.G.)
Vale con una inicial o sólo apellido: Bardsley W o Bardsley
Si apellido es palabra reservada MESH: Gene[Author]
•Por revista J Biol Chem Journal of Biological Chemistry
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Búsquedas en PubMed (algunas estrategias generales)
• Conviene usar “guiones” cuando la palabra se escriba así:
Marine-aquaculture
• Uso de “comillas”Fuerza la búsqueda de la frase entera como está escrita:
“Philadelphia chromosome”
• Uso de truncamientos mediante signo * :
Bacter* (cogería: bacteria, bacterias, bacterium, bacteriophage, etc.)
(importante para capturar singulares y plurales pero puede ser peligroso y encontrar citas excesivas)
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Ejemplo de búsqueda básica•Una búsqueda básica del fármaco DASATINIB arroja 1291 citas.
•Son excesivas y se impone delimitar la búsqueda usando algún filtro.
Filte
rs
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Uso de filtros para acotar una búsqueda en PubMed
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Formas de listar las referencias (“Format” y “Sort by”)
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Listado en formato “Abstract”
3
1
2
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Presentación en formato “Abstract” de solo 1 referencia seleccionada
Related citations
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Opciones de “guardar como” (“send to”)
Salva un archivo que importaremos al gestor RefWorks
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(atovaquone AND proguanil) OR (Malarone) AND (malaria)
AND (prophylaxis OR prevention)
• El uso de paréntesis es muy recomendable:
(los operadores se suelen escribir con mayúsculas )
• Uso de operadores booleanos
AND
OR
NOT
Búsquedas en PubMed (combinación de palabras claves)
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Búsqueda avanzada en PubMed
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Resultados búsqueda avanzada anterior
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Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”)
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Búsqueda avanzada (aprovechando “historia”)
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Búsquedas específicas en PubMed
• Buscar citas concretas (Single citation matcher)
•Buscar por términos médicos MESH (MESH base)
•Buscar por aspectos clínicos (Clinical queries)
•Buscar ensayos clínicos en curso (Clinical trials)
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Búsqueda de citas concretas (Single citation matcher)
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Resultado del “Single citation matcher” anterior
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Búsqueda por términos médicos MeSH (1/4)
• Por términos MESH
(búsqueda por conceptos médicos estandarizados y jerarquizados)
nosebleed
epistaxis
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Búsqueda por términos MESH (2/4)
Se escribe término deseado: Por ej. nosebleed
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Búsqueda por términos MESH (3/4)
Aparecerá esta pantalla:
Pulsar en Search PubMed
Se marca algún subheading (e.g. mortality)
Pulsar en Add search builder
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Búsquedas por términos MESH (4/4)
Aparecerá el listado de referencias
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Búsqueda por aspectos clínicos (“Clinical queries”) 1/2consultas
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Búsqueda por áreas clínicas (“Clinical queries”) 2/2
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Búsqueda por ensayos clínicos en curso (“Clinical trials”) 1/4
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Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 2/4
Resultados búsqueda imatinib
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Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 3/4
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Búsqueda por ensayos clínicos en curso (Clinical trials) 4/4
Imatinib AND Salamanca
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Como guardar búsquedas de PubMed
usando el botón“Send to” o
“create alert”
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El “guardar” desde PubMed es “send to”
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Para guardar búsqueda en MyNCBI con el botón “Create alert”
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Todo esto se guarda en MyNCBI
Botón “create alert ” (Guardar)
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Primero darse de alta en “MyNCBI”
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Gestores de citas bibliográficas
(Programa RefWorks)
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Gestores de citas bibliográficas(Programa RefWorks)
1) Darse de alta dentro WIFI USAL (gratis)
2) Crear carpetas
3) Importar citas
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Incorporando citas a un documento (MS Word y RefWorks a la vez: Write-N-Cite)
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Incorporando citas a un documento (Documento definitivo (guardar con otro nombre)
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Haciendo la bibliografía de forma automática con RefWorks
Bibliografía
AbleBits (2008) Add-in tools for excel. WWW document. URL: http://www.ablebits.com/about-us.php. ASTERIAS (2008) Applications for the analysis of genomic data. WWW document. URL: http://asterias.bioinfo.cnio.es/.
Bardsley, W.G. (2009) SIMFIT statistical package. university of manchester (U.K.). WWW document. URL: http://www.simfit.man.ac.uk.
Bax, L., Yu, L.M., Ikeda, N. & Moons, K.G. (2007) A systematic comparison of software dedicated to meta-analysis of causal studies. BMC Medical Research Methodology, 7, 40.
Benjamini, Y. & Hochberg, Y. (1995) Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing. J. R. Statis. Soc. B. 57, 289-300.
Breitling, R. & Herzyk, P. (2005) Rank-based methods as a non-parametric alternative of the T-statistic for the analysis of biological microarray data. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 3, 1171-1189.
Breitling, R., Armengaud, P., Amtmann, A. & Herzyk, P. (2004) Rank products: A simple, yet powerful, new method to detect differentially regulated genes in replicated microarray experiments. FEBS Letters, 573, 83-92.
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Estrategia global paramanejar citas bibliográficas
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Estrategia para manejar bibliografía
PubMed (Medline)
MyNCBI
RefWorks
Word + RefWorks
Imatinib AND microarray*
Búsqueda_Imatinib(21-9-08)
Citas_Imatinib
Imatinib_trabajo.doc
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Sitios web de interés en Farmacia
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SITIOS WEB DE INTERES EN FARMACIA
Agencia Española del Medicamento
Ministerio de sanidad y consumo
Consejería de Sanidad Castilla y León
Portalfarma
Correo farmacéutico
U.S. Food and Drug Administration
Organización Mundial de la Salud (OMS)
Vademecum
http://Agencia Española del Medicamento/
http://www.fda.gov/
http://www.msc.es/
http://www.saludcastillayleon.es/es
http://www.who.int/es/
http://www.vademecum.es/
http://www.portalfarma.com/
http://www.correofarmaceutico.com/
http://www.medicine.ox.ac.uk/bandolier/Bandolier (Evidence Based Med.)
http://www.ema.europa.eu/Europa Medicines Agency
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Gracias por la atención