Post on 16-Jul-2015
Métodos semánticos automatizados de apoyo a la gestión y a la interoperabilidad
de la información clínica
Jose Luis Iglesias Allones
Departamento de Electrónica y Computación Universidad de Santiago de Compostela
Noviembre de 2014
Contenido
• Introducción
• Objetivos
• Métodos
• Conclusiones
2
Antecedentes
Historia clínica electrónica (HCE)
3
Introducción
Introducción
!!
Poca interoperabilidad • Información clínica almacenada con distintos
formatos en sistemas independientes.
• Dificulta el acceso completo a la información
Limitaciones de la HCE actual
4
Introducción
Poca estandarización de la información.
• Los médicos usan texto libre para registrar la información
• El texto libre da libertad y expresividad a los médicos
• Difícil de entender para las máquinas: dificulta la recuperación y la reutilización de la información.
Limitaciones de la HCE actual
5
Antecedentes
• Creación de modelos de datos estructurados (p.e. arquetipos)
• Creación de terminologías clínicas (p.e. SNOMED-CT)
• Integración y uso consistente de las terminologías en la HCE
Hoja de ruta hacia una mejor HCE
6
Introducción
Antecedentes
• Creación de modelos de datos estructurados (p.e. arquetipos)
• Creación de terminologías clínicas (p.e. SNOMED-CT)
• Integración y uso consistente de las terminologías en la HCE ‣ Enlazado semántico de la información textual con
conceptos terminológicos
Hoja de ruta hacia una mejor HCE
7
Introducción
Antecedentes
• Creación de modelos de datos estructurados (p.e. arquetipos) • Creación de terminologías clínicas (p.e. SNOMED-CT) • Integración y uso consistente de las terminologías en la HCE
‣ Enlazado semántico de la información textual con conceptos terminológicos.!
- Enlazado manual (expertos): muy costoso - Enlazado automático (algorítmico): muy complejo - No existen herramientas automáticas eficientes.
Hoja de ruta hacia una mejor HCE
8
Introducción
• Introducción
• Objetivos
• Métodos
• Conclusiones
9
• Objetivos
Objetivos
Objetivos generales!
• Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías.
• Mejorar los procesos de recuperación de información en almacenes de datos clínicos.
10
Objetivo específico
• Objetivo general: Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías.
Sub-objetivo 1: Mejorar el enlazado automático entre términos clínicos en lenguaje natural y conceptos de SNOMED-CT.
11
• Introducción
• Objetivos
• Métodos
!
• Conclusiones
12
‣ Herramienta de enlazado de términos clínicos
Herramienta de enlazado de términos clínicos
13
Herramienta de enlazado
Término "clínico
Concepto "SNOMED-CT "equivalente
“paciente padece presión arterial
elevada”
38341003 hipertensión arterial Búsqueda
Antecedentes
38341003
hipertensión arterial tensión arterial alta"
identificador {descripciones/términos!
sinónimos
Ejemplo de concepto de SNOMED-CT
14
Herramienta de enlazado de términos clínicos
{
Antecedentes
49601007 enfermedad cardiovascular trastorno cardiovascular
Relación jerárquica ‘IS-A’
51840005 sistema circulatorio
Relación lógica ‘sitio del hallazgo’
Relaciones entre conceptos de SNOMED-CT
15
Herramienta de enlazado de términos clínicos
38341003
hipertensión arterial tensión arterial alta"
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Una herramienta con dos configuraciones:
• Automática La herramienta busca y decide el concepto más relevante. El experto no participa. Alta precisión
• Semi-automática (o de recomendación)La herramienta busca y propone varios conceptos. El experto selecciona el concepto final. Alta cobertura
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MétodosHerramienta de enlazado de términos clínicosHerramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Esquema de la herramienta
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Herramienta de enlazado de términos clínicos
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
Búsqueda de candidatos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
18
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
Búsqueda de candidatos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Normalización léxica
LA EXTIRPACIÓN DEL QUISTE,
la extirpación del quiste
Tokenización (separa palabras)
{la, extirpación, del, quiste}
Eliminación de “stopwords”
{la,extipación, del, quiste}
extiparción quiste
Transformaciones sencillas
Término original
Término normalizado
19
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
20
Herramienta de enlazado de términos clínicos
LA EXTIRPACIÓN DEL QUISTE EXTIRPACIÓN QUISTE
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
Búsqueda de candidatos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
21
Herramienta de enlazado de términos clínicos
EXTIRPACIÓN QUISTE
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
Búsqueda de candidatos
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
z
Expansión del término buscado
1. Separación del término en palabras
2. Proceso de descubrimiento de sinónimos de cada palabra en SNOMED-CT
3. Generación de términos alternativos combinando los sinónimos.
Nuestro enfoque: Ejemplo: “extirpación quiste”
{extirpación, quiste}
extirpación ≡ resecciónquiste ≡ tumor
resección quiste"resección tumor
extirpación quiste extirpación tumor
22
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
extirpación ≡ resección
Herramienta de enlazado de términos clínicos
1. Separación del término en palabras
2. Proceso de descubrimiento de sinónimos de cada palabra en SNOMED-CT"
3. Generación de términos alternativos combinando los sinónimos.
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
24
172137007 extirpación de lesión orbitaria"
! resección de lesión orbitaria
176072009 extirpación de lesión de uréter"
!resección de lesión de uréter
Hipótesis: Si dos palabras se intercambian frecuentemente en descripciones sinónimas es muy probable que estas sean también sinónimas
extirpación ≡ resección
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Inferencia de sinonimia Inferencia de sinonimia
1. Separación del término en palabras
2. Proceso de descubrimiento de sinónimos de cada palabra en SNOMED-CT"
3. Generación de términos alternativos combinando los sinónimos.
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
25
Herramienta de enlazado de términos clínicos
EXTIRPACIÓN QUISTE
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
Búsqueda de candidatos
EXTIRPACIÓN QUISTE!EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
26
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
EXTIRPACIÓN QUISTE!EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Técnicas léxicas
La herramienta incluye dos técnicas de la librería SimMetrics.
Obtienen puntuaciones de similitud léxica en el rango [0,1] en función de dos criterios:
• Número de caracteres comunes (Métrica Levenshtein) • Número de palabras comunes (Métrica de Coseno)
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Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Técnicas léxicas
resección quisteTérmino buscado
Descripción concepto SNOMED-CT
2 palabras comunes 1 palabra diferente Similitud léxica: 0.82
Ejemplo de métrica de Coseno
resección amplia quiste
28
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
29
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
EXTIRPACIÓN QUISTE!EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
Concepto evaluado
Puntuación Métrica
Levenshtein
Puntuación Métrica Coseno
resección amplia quiste 0.7 0.82
resección neoplasia 0.8 0.66
resección quiste 1.0 1.0
resección quiste bazo 0.9 0.82
…. … …
Ranking de conceptos candidatos
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
30
Herramienta de enlazado de términos clínicos
EXTIRPACIÓN QUISTE!EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
Concepto evaluado
Puntuación Métrica
LevenshteinPuntuación
Métrica Coseno
resección amplia quiste 0.7 0.82
resección neoplasia 0.8 0.66
resección quiste 1.0 1.0
resección quiste bazo 0.9 0.82
…. … …
Ranking de conceptos candidatos
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CTLA EXTIRPACIÓN !
DEL QUISTE
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
49795001 neumonectomía neumonectomía total
Técnica léxico-estructural
“resección del pulmón”
Término clínico
Baja similitud "léxica…
Ejemplo: Estimación de la similitud entre el término de búsqueda “resección del pulmón” y el concepto “neumonectomía" (49795001)
31
Concepto SNOMED-CT
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
49795001 neumonectomía neumonectomía total
Técnica léxico-estructural
“resección del pulmón”
Término clínico
Baja similitud "léxica…
Ejemplo: Estimación de la similitud entre el término de búsqueda “resección del pulmón” y el concepto “neumonectomía" (49795001)
181216001 pulmón
parte del cuerpo
129304002 resección
acción
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Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
49795001 neumonectomía neumonectomía total
Técnica léxico-estructural
“resección del pulmón”
Término clínico
Ejemplo: Estimación de la similitud entre el término de búsqueda “resección del pulmón” y el concepto “neumonectomía" (49795001)
181216001 pulmón
parte del cuerpo
129304002 resección
acción
Similitud léxica?
Similitud léxica?
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Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
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Herramienta de enlazado de términos clínicos
Concepto evaluado
Puntuación Métrica
Levenshtein
Puntuación Métrica Coseno
Puntuación Estructural Rel. Método
Puntuación Estructural
Rel. Parte Cuerpo
resección amplia quiste 0.7 0.82 0.7 0.8
resección neoplasia 0.8 0.66 0.78 0.75
resección quiste 1.0 1.0 0.53 0.86
resección quiste bazo 0.9 0.82 0.8 0.89
…. … … … …
EXTIRPACIÓN QUISTE!
EXTIRPACIÓN
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
EXTIRPACIÓN QUISTE!EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
Ranking de puntuaciones de conceptos
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
35
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Concepto evaluado
Puntuación Métrica
Levenshtein
Puntuación Métrica Coseno
Puntuación Estructural Rel. Método
Puntuación Estructural
Rel. Parte Cuerpo
resección amplia quiste 0.7 0.82 0.7 0.8
resección neoplasia 0.8 0.66 0.78 0.75
resección quiste 1.0 1.0 0.53 0.86
resección quiste bazo 0.9 0.82 0.8 0.89
…. … … … …
EXTIRPACIÓN QUISTE!
EXTIRPACIÓN
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
EXTIRPACIÓN QUISTE!EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
Ranking de puntuaciones de conceptos
¿Cómo seleccionar un único concepto relevante?¿Cómo seleccionar el conjunto de conceptos para hacer recomendaciones al experto?
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
36
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Concepto evaluado
Puntuación Métrica
Levenshtein
Puntuación Métrica Coseno
Puntuación Estructural Rel. Método
Puntuación Estructural Rel. Parte
Cuerpo
resección amplia quiste 0.7 0.82 0.7 0.8
resección neoplasia 0.8 0.66 0.78 0.75
resección quiste 1.0 1.0 0.53 0.86
resección quiste bazo 0.9 0.82 0.8 0.89
…. … … … …
Ranking de puntuaciones de conceptos
¿Cómo seleccionar un único concepto relevante?¿Cómo seleccionar el conjunto de conceptos para hacer recomendaciones al experto?
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT DesambiguaciónConcepto(s)
equivalente(s)SNOMED-CTEXTIRPACIÓN QUISTE!
EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Desambiguación
1. Reglas creadas manualmente 2. Algoritmos de aprendizaje automático"
• Aprendizaje supervisado: máquinas de soporte vectorial • Librería Kernlab del lenguaje estadístico R • Conjunto de entrenamiento creado por expertos
Dos estrategias:
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Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
38
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Concepto evaluado
Puntuación Métrica
Levenshtein
Puntuación Métrica Coseno
Puntuación Estructural Rel. Método
Puntuación Estructural Rel. Parte
Cuerpo
resección amplia quiste
0.7 0.82 0.7 0.8
resección neoplasia 0.8 0.66 0.78 0.75
resección quiste 1.0 1.0 0.53 0.86
resección quiste bazo 0.9 0.82 0.8 0.89
…. … … … …
Ranking de puntuaciones de conceptos
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT DesambiguaciónConcepto(s)
equivalente(s)SNOMED-CT
EXTIRPACIÓN QUISTE!EXTIRPACIÓN TUMOR!RESECCIÓN QUISTE!RESECCIÓN TUMOR
LA EXTIRPACIÓN !DEL QUISTE
Concepto SNOMED-CT Final
428297005 resección quiste
“LA EXTIRPACIÓN DEL QUISTE” 428297005 resección quiste
Enlace
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Evaluación
Objetivo: Analizar el rendimiento del método y compararlo con dos buscadores de SNOMED-CT estado del arte:
• Buscador de la Librería Nacional de Medicina de EEUU (NLM).
• Buscador ITServer de la empresa Indizen.
!
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Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Conjunto de evaluación
Usamos un glosario de términos publicado por la Sociedad Española de Anatomía Patológica.
• Para los experimentos: 300 términos en español relacionados con procedimientos de biopsias.
40
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Término de entrada Concepto SNOMED-CT "asignado por experto
biopsia de miocardio biopsia de miocardio (387828005)
masectormía total masectomía simple (172043006)
esofaguectomía parcial resección subtotal del esófago (3980006)
…. …
Extracto del conjunto de evaluación
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Dos experimentos:"• Experimento 1: Evalúa la capacidad de los 3 buscadores para
enlazar automáticamente términos con un concepto.
41
Herramienta de enlazado de términos clínicos
• Experimento 2: Evalúa la capacidad de los 3 buscadores para recomendar/sugerir varios conceptos a un usuario experto.
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Resultados
• Experimento 1: Evalúa la capacidad de los buscadores para enlazar automáticamente términos con un concepto.
Precisión
Recall
0 22,5 45 67,5 90
51
88
40
90
32
85 Buscador NLM
Buscador ITServer
Perfil automático de nuestro método
Los buscadores pueden devolver como máximo 1 concepto
42
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
• Experimento 2: Evalúa la capacidad de los buscadores para recomendar/sugerir varios conceptos a un usuario experto.
Los buscadores pueden devolver como máximo 5 conceptos candidatos
43
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Resultados
Recall
0 20 40 60 80
71
54
42 Buscador NLM
Buscador ITServer
Perfil semi-automático de nuestro método
• Experimento 2: Evalúa la capacidad de los buscadores para recomendar/sugerir varios conceptos a un usuario experto.
Los buscadores pueden devolver como máximo 5 conceptos candidatos
44
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Aportaciones del método
• Combina eficientemente diferentes técnicas de búsqueda • Incorpora técnicas novedosas para la búsqueda en SNOMED-CT
Novedosa en "SNOMED-CT
45
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Término de búsqueda
Normalización
Término normalizado
Expansión del término buscado
Términos alternativos
Técnicas léxicas
Técnicas estructurales
SNOMED-CT
Ranking de conceptos
candidatos
Desambiguación ConceptosSNOMED-CT
Novedosa en "SNOMED-CT
Novedosa en "SNOMED-CT
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
46
Herramienta de enlazado de términos clínicos
Publicación JCR: !Jose L. Allones, Diego Martínez, Maria J. Taboada.
“Automated mapping of clinical terms into SNOMED-CT. An application to codify procedures in pathology” Journal of Medical Systems
Objetivo específico
• Objetivo general: Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías.
✓Sub-objetivo 1: Mejorar el enlazado automático entre términos clínicos en lenguaje natural y conceptos de SNOMED-CT
47
Objetivo específico
• Objetivo general: Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías. ✓Sub-objetivo 1: Mejorar el enlazado automático entre términos
clínicos en lenguaje natural y conceptos de SNOMED-CT. Sub-objetivo 2: Mejorar el enlazado automático entre la información textual de arquetipos clínicos y conceptos de SNOMED-CT
!
48
• Introducción
• Objetivos
• Métodos ‣ Herramienta de enlazado de términos clínicos
!
• Conclusiones
49
‣ Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
50
Interfaz del arquetipo ‘Presión sanguínea’
Facilita la captura estructurada/sistemática de información!!!
Introducción a arquetipos
51
Interfaz del arquetipo ‘Presión sanguínea’ ��������� ��� ������� ����� ������������������ !"�#��������������$ ������� %��&&&&' ���()�(� ���(���� ���()�(� � *%"�� +,-��..��'/ ����������� �)������*0���������������������1�����2�������������0/��3������� ������ !"�#%��&&&&' 2������ 4 �� ����������� ���� 2������ 4 �"�!��5%��&&&�' ���)������� 2������ 4&���62������4 ��� "!�7 !���%��&&&,' ���)������� 2������ 4&���62������4
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blood_pressure.v2
Definición formal del arquetipo (adl)
Introducción a arquetipos
Método de enlazado de arquetipos clínicos con SNOMED-CT
52
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Herramienta de enlazado
Arquetipo clínico
Conceptos SNOMED-CT "(equivalentes al contenido
del arquetipo)
Búsqueda
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
53
ProcesamientoArquetipo "clínico Enlaces "
(Conceptos SNOMED-CT)
ExpansiónBúsqueda "
léxica exactaBúsqueda "
léxica parcial "en vecinos
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Herramienta de enlazado
54
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
55
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
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Jerarquía de términos clínicos"Arquetipo de respiración
56
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
�������������� ����
�����
������
�����
����
���
������
�������
���������
����������
�������� �������
�������������
�������������
�������� �������
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión Búsqueda "
léxica exactaBúsqueda "
léxica parcial "en vecinos
57
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
�������������� ����
�����
������
�����
����
���
������
�������
���������
����������
�������� �������
�������������
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�������� �������
shallow depth
normal depth
deep depth
regular rhythm
irregular rhythm
depth respiration observable
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión Búsqueda "
léxica exactaBúsqueda "
léxica parcial "en vecinos
58
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
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shallow depth
normal depth
deep depth
regular rhythm
irregular rhythm
depth respiration observable
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
59
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
Respiration observable 364062005
respiration observable
Concepto SNOMED-CTTérmino del arquetipo
Equiparación léxica exacta
60
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
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+)0,0+**'������������������������� �����������
shallow depth
normal depth
deep depth
regular rhythm
irregular rhythm
depth respiration "observable
Enlaces
rhythm respiration "observable
… Equiparación léxica exacta
61
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
62
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
Normal
364062005 skin normal
Conceptos SNOMED-CT
Término del arquetipo
Equiparaciones parciales
364062005 normal weight
364062005 normal deep of breathing
63
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
¿Cómo extraemos contextos relevantes en SNOMED-CT?"!
Usamos la semántica de SNOMED-CT.
Extraemos los conceptos vecinos de los enlaces creados en la búsqueda exacta.
64
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
�������������� ����
�����
������
�����
����
���
������������������������������������������������� ��������������� ��!""#�$�
��%���
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#���&����
'()*(+**,�������������� ��������� �����������
-'--./***������������������ �����
-/(+-**,����������������� �����
/.,**+����������������� �����
-/0,)**,�������������������� �����
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����������1���2�����2����
����������
�������� �������
�������������
�������������
�������� �������
+/-(+(**.����������������������� �����������
+)0,0+**'������������������������� �����������
regular rhythm
Enlaces
rhythm respiration "observable
… Equiparación léxica exacta
271626009depth of respiration
(observable entity)
Equiparación léxica exacta
65
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
�������������� ����
�����
������
�����
����
���
������������������������������������������������� ��������������� ��!""#�$�
��%���
��&����
#���&����
'()*(+**,�������������� ��������� �����������
-'--./***������������������ �����
-/(+-**,����������������� �����
/.,**+����������������� �����
-/0,)**,�������������������� �����
).(*0**-���������������������� �����
����������1���2�����2����
����������
�������� �������
�������������
�������������
�������� �������
+/-(+(**.����������������������� �����������
+)0,0+**'������������������������� �����������
regular rhythm
Enlaces
rhythm respiration "observable
… Equiparación léxica exacta
271626009depth of respiration
(observable entity)271626009depth of respiration
(observable entity)
Contexto lógico del concepto depth of respiration
shallow breathing(clinical finding)
normal depth of breathing
(clinical finding)
deep breathing (clinical finding)
depth of respiration varies (clinical finding)
depth of breathing uneven (clinical finding)
interprets
Equiparación léxica exacta
66
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
ProcesamientoArquetipo "clínico
Enlaces "Conceptos
SNOMED-CT Expansión
Búsqueda "léxica exacta
Búsqueda "léxica parcial "
en vecinos
�������������� ����
�����
������
�����
����
���
������������������������������������������������� ��������������� ��!""#�$�
��%���
��&����
#���&����
'()*(+**,�������������� ��������� �����������
-'--./***������������������ �����
-/(+-**,����������������� �����
/.,**+����������������� �����
-/0,)**,�������������������� �����
).(*0**-���������������������� �����
����������1���2�����2����
����������
�������� �������
�������������
�������������
�������� �������
+/-(+(**.����������������������� �����������
+)0,0+**'������������������������� �����������
regular rhythm
Enlaces
rhythm respiration "observable
… Equiparación léxica exacta
271626009depth of respiration
(observable entity)Equiparación léxica exacta
271626009depth of respiration
(observable entity)
Contexto lógico del concepto depth of respiration
shallow breathing(clinical finding)
normal depth of breathing
(clinical finding)
deep breathing (clinical finding)
depth of respiration varies (clinical finding)
depth of breathing uneven (clinical finding)
interprets
Equiparación léxica parcial
Evaluación
Método de enlazado de arquetipos clínicos con SNOMED-CT
Conjunto de datos Enlaces expertos
Enlaces automáticos
67
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Etapa Precisión Recall
Búsqueda exacta 84% 66%
Búsqueda parcial en vecinos 93% 28%
Combinación 96% 76%
Resultados
68
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Etapa Precisión Recall
Búsqueda exacta 84% 66%
Búsqueda parcial en vecinos 93% 28%
Combinación 96% 76%
Resultados
~ 1.2 conceptos sugeridos por término Técnica léxica exacta enlaza una importante proporción de términos Técnica léxica-contextual encuentra nuevos enlaces y valida
69
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Trabajo relacionado!
• Los buscadores genéricos de SNOMED-CT no enlazan arquetipos.
• Hay pocas herramientas de enlazado específicas para enlazar arquetipos con SNOMED-CT: ‣ Herramienta de Sheng Yu: Usa técnicas de Recuperación de Información.
‣ Herramienta MoST: Combina técnicas léxicas, lingüísticas y de RI.
!
70
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Método de enlazado de términos clínicos con SNOMED-CT
Trabajo relacionado
Recall"%
Número de conceptos "por término
0 20 40 60 80
1,2
76
5
69
10
55Herramienta de Sheng YuHerramienta MoSTNuestra herramienta
71
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Método de enlazado de arquetipos clínicos con SNOMED-CT
Interfaz gráfica para ayudar a los expertos: !
72
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Método de enlazado de arquetipos clínicos con SNOMED-CT
73
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Publicación JCR: !María Meizoso, Jose L. Allones, Diego Martínez, Maria J. Taboada.
“Semantic similaritybased alignment between clinical archetypes and SNOMED CT: an application to observations” International Journal of Medical Informatics
Objetivo específico
• Objetivo general: Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías. ✓Sub-objetivo 1: Mejorar el enlazado automático entre términos
clínicos en lenguaje natural y conceptos de SNOMED-CT.
✓Sub-objetivo 2: Mejorar el enlazado automático entre la información textual de arquetipos clínicos y conceptos de SNOMED-CT
!
74
Objetivo específico
• Objetivo general: Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías. ✓Sub-objetivo 1: Mejorar el enlazado automático entre términos
clínicos en lenguaje natural y conceptos de SNOMED-CT.
✓Sub-objetivo 2: Mejorar el enlazado automático entre la información textual de arquetipos clínicos y conceptos de SNOMED-CT
• Objetivo general: Mejorar los procesos de recuperación de información en almacenes de datos clínicos
75
Objetivo específico
• Objetivo general: Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías. ✓Sub-objetivo 1: Mejorar el enlazado automático entre términos
clínicos en lenguaje natural y conceptos de SNOMED-CT.
✓Sub-objetivo 2: Mejorar el enlazado automático entre la información textual de arquetipos clínicos y conceptos de SNOMED-CT
• Objetivo general: Mejorar los procesos de recuperación de información en almacenes de datos clínicos
Sub-objetivo 3: Mejorar la gestión y la búsqueda de información en almacenes de arquetipos
76
• Introducción
• Objetivos
• Métodos ‣ Herramienta de enlazado de términos clínicos
‣ Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
!
• Conclusiones
77
‣ Buscador semántico para arquetipos
Método de enlazado de arquetipos clínicos con SNOMED-CT
78
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Buscador semántico
Arquetipos relevantes
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Búsqueda
“hipertensión arterial”
Consulta
Almacén "de arquetipos
Segmentación automatizada en SNOMED-CT
Usa SNOMED-CT para enriquecer la búsqueda: ‣ Cada arquetipo es representado con un
subconjunto relevante de SNOMED-CT ‣ La consulta es enlazada con un concepto ‣ La búsqueda es a nivel de concepto (No léxica)
Buscador semántico para repositorios de arquetipos
79
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Segmentación automatizada en SNOMED-CT
El buscador incluye tres procesos importantes:
Buscador semántico para repositorios de arquetipos
80
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos de SNOMED-CT asociados a
arquetipos
Enlazado de la consulta textual con un concepto de
SNOMED-CT
Búsqueda del concepto enlazado en los subconjuntos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
81
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
Subconjunto / Segmento "de SNOMED-CT
SNOMED-CT
82
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
Arquetipo
Etapa de enlazado
Enlaces
Conceptos SNOMED-CTSNOMED-CT
Subconjunto de SNOMED-CT
Etapa de segmentación
83
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
Arquetipo
Etapa de enlazado
Enlaces
Conceptos SNOMED-CTSNOMED-CT
Subconjunto de SNOMED-CT
Etapa de segmentación
Respiration
Depth
Shallow
Normal
Deep
...
Jerarquía de términos asociada al arquetipo Conceptos SNOMED Enlaces
Rhythm
respiration observable(observable entity)
deep breathing (clinical finding)
depth of respiration(observable entity)
rhythm of respiration (observable entity)
normal breathing(clinical finding)
shallow breathing (clinical finding)
Etapa de enlazado
Etapa de enlazado
84
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
Conceptos SNOMED
respiration observable(observable entity)
deep breathing (clinical finding)
depth of respiration(observable entity)
rhythm of respiration (observable entity)
normal breathing(clinical finding)
shallow breathing (clinical finding)
Arquetipo
Etapa de enlazado
Enlaces
Conceptos SNOMED-CTSNOMED-CT
Subconjunto de SNOMED-CT
Etapa de segmentación
respiratory pattern (observable entity)
Etapa de segmentación
85
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
!respiratory pattern"(observable entity)
Arquetipo
Etapa de enlazado
Enlaces
Conceptos SNOMED-CTSNOMED-CT
Subconjunto de SNOMED-CT
Etapa de segmentaciónEtapa de segmentación
86
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
Relación jerárquica
!respiration observable"(observable entity)
!respiratory pattern"(observable entity)
Arquetipo
Etapa de enlazado
Enlaces
Conceptos SNOMED-CTSNOMED-CT
Subconjunto de SNOMED-CT
Etapa de segmentación
Clinical history/examination "observable (observable entity)
Etapa de segmentación
87
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
!
Relación jerárquica
depth of respiration"(observable entity)
!respiration observable"(observable entity)
!respiratory pattern"(observable entity)
Arquetipo
Etapa de enlazado
Enlaces
Conceptos SNOMED-CTSNOMED-CT
Subconjunto de SNOMED-CT
Etapa de segmentación
Clinical history/examination "observable (observable entity)
Etapa de segmentación
88
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
!
Relación jerárquica
depth of respiration"(observable entity)
!respiration observable"(observable entity)
!respiratory pattern"(observable entity) Hypoventilation
(finding)
Arquetipo
Etapa de enlazado
Enlaces
Conceptos SNOMED-CTSNOMED-CT
Subconjunto de SNOMED-CT
Etapa de segmentación
Relación lógica
Clinical history/examination "observable (observable entity)
Etapa de segmentación
89
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
Subconjunto de SNOMED-CTRepresenta la semántica del arquetipo!
SNOMED-CT
90
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
Subconjunto asociado al "arquetipo ‘respiration’ Subconjunto asociado al "
arquetipo ‘blood pressure’
Subconjunto asociado" al arquetipo ‘weight’
91
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
SNOMED-CT
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
92
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
“hipertensión arterial”
Concepto SNOMED-CT
ConsultaMétodo de enlazado
38341003 hipertensión arterial"
tensión arterial elevada"presión arterial alta"
93
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
94
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
SNOMED-CT
Subconjunto asociado al "arquetipo ‘respiration’ Subconjunto asociado al "
arquetipo ‘blood pressure’
Subconjunto asociado "al arquetipo ‘weight’
Concepto SNOMED-CT enlazado
?
??
“hipertensión arterial”
Método de enlazado
38341003 hipertensión arterial"
tensión arterial elevada"presión arterial alta"
95
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Extracción de subconjuntos
Enlazado de la consulta
Búsqueda "por conceptos
Segmentación automatizada en SNOMED-CTBuscador semántico para repositorios de arquetipos
55 términos médicos" Nuestro "
buscador"
Profesionales médicos
Arquetipos !relevantes
Gold standard
Evaluación"
Buscadores basados en
palabras claves"
Resultados!(arquetipos)
Ejemplos:!“respiratory frequency”!“respiratory sounds”
Resultados!(arquetipos)
Evaluación
96
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Resultados
Precisión "%
Recall "%
0 25 50 75 100
69
9740
96!
Buscador basado en palabras claves
Buscador semántico
Buscador semántico para repositorios de arquetipos
97
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Precisión "%
Recall "%
0 25 50 75 10069
9740
96!
Buscador basado en palabras claves
Buscador semántico
!
El buscador semántico: ✓ toma ventaja de la sinonimia y las relaciones de SNOMED-CT
✓ puede detectar arquetipos con términos similares, términos más generales y más específicos que la consulta…"
! !!
Buscador semántico para repositorios de arquetipos
98
Buscador semántico para almacenes de arquetipos
Método de enlazado de arquetipos clínicos con SNOMED-CT
99
Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
Publicación JCR: !Jose L. Allones, Maria J. Taboada, Diego Martínez, Raimundo Lozano y María J. Sobrido
“SNOMED CT module-driven clinical archetype management” Journal of Biomedical Informatics
Objetivo específico
• Objetivo general: Mejorar el enlazado automático entre información clínica (textual) y terminologías. ✓Sub-objetivo 1: Mejorar el enlazado automático entre términos
clínicos en lenguaje natural y conceptos de SNOMED-CT.
✓Sub-objetivo 2: Mejorar el enlazado automático entre la información textual de arquetipos clínicos y conceptos de SNOMED-CT
• Objetivo general: Mejorar la búsqueda y el acceso en conjuntos de datos clínicos. ✓Sub-objetivo 3: Mejorar la gestión y la búsqueda de
información en los almacenes de arquetipos
100
• Conclusiones
101
• Introducción
• Objetivos
• Métodos ‣ Herramienta de enlazado de términos clínicos
‣ Herramienta de enlazado de arquetipos clínicos
‣ Buscador semántico parar arquetipos
Conclusiones
Consenso actual: las terminologías clínicas deben integrarse progresivamente en la HCE
Interoperabilidad ReutilizaciónEstandarización
Problema: La integración es compleja y costosa
Se necesitan metodologías automáticas que faciliten la integración!!
102
Conclusiones
Consenso actual: las terminologías clínicas deben integrarse progresivamente en la HCE
Interoperabilidad ReutilizaciónEstandarización
Problema: La integración es compleja y costosa
Se necesitan metodologías automáticas que faciliten la integración!!
103
Conclusiones
ContribucionesMétodologías para el enlazado automático con SNOMED-CT"
• Una especializada en arquetipos. Otra propósito más general.
• Para términos en español y en inglés.
• Combinan técnicas de búsqueda de conceptos.
• Incluyen técnicas novedosas (p.e. sinonimia, uso de información contextual y estructural)
• Mejoran el rendimiento de herramientas similares evaluadas.
104
Conclusiones
ContribucionesMétodologías para el enlazado automático con SNOMED-CT"
• Una especializada en arquetipos. Otra propósito más general.
• Para términos en español y en inglés.
• Combinan técnicas de búsqueda de conceptos.
• Incluyen técnicas novedosas (p.e. sinonimia, uso de información contextual y estructural)
• Mejoran el rendimiento de herramientas similares evaluadas.
105
Conclusiones
ContribucionesMétodologías para el enlazado automático con SNOMED-CT"
• Una especializada en arquetipos. Otra propósito más general.
• Para términos en español y en inglés.
• Combinan técnicas de búsqueda de conceptos.
• Incluyen técnicas novedosas (p.e. sinonimia, uso de información contextual y estructural)
• Mejoran el rendimiento de herramientas similares evaluadas.
106
Conclusiones
ContribucionesMétodologías para el enlazado automático con SNOMED-CT"
• Una especializada en arquetipos. Otra propósito más general.
• Para términos en español y en inglés.
• Combinan técnicas de búsqueda de conceptos.
• Incluyen técnicas novedosas (p.e. sinonimia, uso de información contextual y estructural)
• Mejoran el rendimiento de herramientas similares evaluadas.
107
Conclusiones
ContribucionesMétodologías para el enlazado automático con SNOMED-CT"
• Una especializada en arquetipos. Otra propósito más general.
• Para términos en español y en inglés.
• Combinan técnicas de búsqueda de conceptos.
• Incluyen técnicas novedosas (p.e. sinonimia, uso de información contextual y estructural)
• Mejoran el rendimiento de herramientas relacionadas.
108
Conclusiones
ContribucionesBuscador semántico para almacenes de arquetipos:
• Usa SNOMED-CT para gestionar y buscar en el repositorio
• Incluye un método novedoso para anotar automáticamente los arquetipos con subconjuntos relevantes de SNOMED-CT
• Aprovecha la sinonimia y las relaciones semánticas de SNOMED-CT para mejorar la búsquedas en los repositorios
• Mejora el rendimiento de los buscadores actuales (basados en palabras clave).
109
Conclusiones
ContribucionesBuscador semántico para repositorios de arquetipos:
• Usa SNOMED-CT para gestionar y buscar en el repositorio
• Incluye un método novedoso para anotar automáticamente los arquetipos con subconjuntos relevantes de SNOMED-CT
• Aprovecha la sinonimia y las relaciones semánticas de SNOMED-CT para mejorar la búsquedas en los repositorios
• Mejora el rendimiento de los buscadores actuales (basados en palabras clave).
110
Conclusiones
ContribucionesBuscador semántico para repositorios de arquetipos:
• Usa SNOMED-CT para gestionar y buscar en el repositorio
• Incluye un método novedoso para anotar automáticamente los arquetipos con subconjuntos relevantes de SNOMED-CT
• Aprovecha la sinonimia y las relaciones semánticas de SNOMED-CT para mejorar la búsquedas en los repositorios
• Mejora el rendimiento de los buscadores actuales (basados en palabras clave).
111
Conclusiones
ContribucionesBuscador semántico para repositorios de arquetipos:
• Usa SNOMED-CT para gestionar y buscar en el repositorio
• Incluye un método novedoso para anotar automáticamente los arquetipos con subconjuntos relevantes de SNOMED-CT
• Aprovecha la sinonimia y las relaciones semánticas de SNOMED-CT para mejorar la búsquedas en los repositorios
• Mejora el rendimiento de los buscadores actuales (basados en palabras clave).
112
Conclusiones
Lecciones aprendidas• La búsqueda/enlazado de conceptos con SNOMED-CT
es complejo y consume mucho tiempo. • Técnicas léxicas no son suficientes. • Es necesario combinar técnicas con distintos enfoques. • Las metodologías automáticas son necesarias, pero
también la revisión experta de los enlaces. • Potencial de la información enlazada con terminologías.
Facilita la reutilización y recuperación de la información
113
Conclusiones
Lecciones aprendidas• La búsqueda/enlazado de conceptos con SNOMED-CT
es complejo y consume mucho tiempo. • Técnicas léxicas no son suficientes. • Es necesario combinar técnicas con distintos enfoques. • Las metodologías automáticas son necesarias, pero
también la revisión experta de los enlaces. • Potencial de la información enlazada con terminologías.
Facilita la reutilización y recuperación de la información
114
Conclusiones
Lecciones aprendidas• La búsqueda/enlazado de conceptos con SNOMED-CT
es complejo y consume mucho tiempo. • Técnicas léxicas no son suficientes. • Es necesario combinar técnicas con distintos enfoques. • Las metodologías automáticas son necesarias, pero
también la revisión experta de los enlaces. • Potencial de la información enlazada con terminologías.
Facilita la reutilización y recuperación de la información
115
Conclusiones
Lecciones aprendidas• La búsqueda/enlazado de conceptos con SNOMED-CT
es complejo y consume mucho tiempo. • Técnicas léxicas no son suficientes. • Es necesario combinar técnicas con distintos enfoques. • Las metodologías automáticas son necesarias, pero
también la revisión experta de los enlaces. • Potencial de la información enlazada con terminologías.
Facilita la reutilización y recuperación de la información
116
Limitaciones y Trabajo futuro
• No se ha conseguido la automatización completa del enlazado. • No se ha considerado la post-coordinación. • No se ha tratado la anotación de textos largos (p.e. abstracts,
registros no estructurados de pacientes).
• Pocos conjuntos de datos disponibles para la evaluación. • No se han creado interfaces o servicios web para facilitar el
acceso a las herramientas. • Falta de transferencia
No se han integrado las herramientas en entornos prácticos (p.e. en sistemas de información de hospitales o repositorios públicos de arquetipos)
117
Limitaciones y Trabajo futuro
• No se ha conseguido la automatización completa del enlazado. • No se ha considerado la post-coordinación. • No se ha tratado la anotación de textos largos (p.e. abstracts,
registros no estructurados de pacientes).
• Pocos conjuntos de datos disponibles para la evaluación. • No se han creado interfaces o servicios web para facilitar el
acceso a las herramientas. • Falta de transferencia
No se han integrado las herramientas en entornos prácticos (p.e. en sistemas de información de hospitales o repositorios públicos de arquetipos)
118
Limitaciones y Trabajo futuro
• No se ha conseguido la automatización completa del enlazado. • No se ha considerado la post-coordinación. • No se ha tratado la anotación de textos largos (p.e. abstracts,
registros no estructurados de pacientes).
• Pocos conjuntos de datos disponibles para la evaluación. • No se han creado interfaces o servicios web para facilitar el
acceso a las herramientas. • Falta de transferencia
No se han integrado las herramientas en entornos prácticos (p.e. en sistemas de información de hospitales o repositorios públicos de arquetipos)
119
Limitaciones y Trabajo futuro
• No se ha conseguido la automatización completa del enlazado. • No se ha considerado la post-coordinación. • No se ha tratado la anotación de textos largos (p.e. abstracts,
registros no estructurados de pacientes).
• Pocos conjuntos de datos disponibles para la evaluación. • No se han creado interfaces o servicios web para facilitar el
acceso a las herramientas. • Falta de transferencia
No se han integrado las herramientas en entornos prácticos (p.e. en sistemas de información de hospitales o repositorios públicos de arquetipos)
120
Limitaciones y Trabajo futuro
• No se ha conseguido la automatización completa del enlazado. • No se ha considerado la post-coordinación. • No se ha tratado la anotación de textos largos (p.e. abstracts,
registros no estructurados de pacientes).
• Pocos conjuntos de datos disponibles para la evaluación. • No se han creado interfaces o servicios web para facilitar el
acceso a las herramientas. • Falta de transferencia
No se han integrado las herramientas en entornos prácticos (p.e. en sistemas de información de hospitales o repositorios públicos de arquetipos)
121
Limitaciones y Trabajo futuro
• No se ha conseguido la automatización completa del enlazado. • No se ha considerado la post-coordinación. • No se ha tratado la anotación de textos largos (p.e. abstracts,
registros no estructurados de pacientes).
• Pocos conjuntos de datos disponibles para la evaluación. • No se han creado interfaces o servicios web para facilitar el
acceso a las herramientas. • Falta de transferencia
No se han integrado las herramientas en entornos prácticos (p.e. en sistemas de información de hospitales o repositorios públicos de arquetipos)
122
Métodos semánticos automatizados de apoyo a la gestión y a la interoperabilidad
de la información clínica
Jose Luis Iglesias Allones
Departamento de Electrónica y Computación Universidad de Santiago de Compostela
Noviembre de 2014
123